公司主张员工自动离职是否合法，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据具体情况来判断。以下是我从多个角度为你进行的分析：
合法情况
充分沟通协商且协议合法有效
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条，用人单位与劳动者协商一致可以解除劳动合同。如果公司与员工进行了充分的沟通协商，员工在了解相关法律后果的情况下，基于真实意愿签署了自愿离职协议，且协议内容不违反法律法规的强制性规定，那么公司主张员工自动离职是合法有效的。
- 举例：员工因个人职业发展规划，主动向公司提出离职，并在与公司充分沟通后，签署了自愿离职协议，明确了离职日期、工资结算等事项，这种情况下，公司主张员工自动离职是合法的。
员工自主决定且无不当干涉
- 在某些特定情况下，员工可能出于个人原因（如家庭因素、健康原因等）主动提出离职，并且在签署协议时是完全自愿的，没有受到公司的任何不当干涉或诱导。这种情况下，公司主张员工自动离职也是合法有效的。
不合法情况
违背协商一致原则
- 如果公司未与员工进行充分协商，而是单方面强制要求员工签自动离职，这违反了《劳动合同法》关于协商一致解除劳动合同的规定。此时，公司主张员工自动离职是不合法的。
- 举例：公司因经营不善，需要裁员，但未与员工进行充分沟通，直接要求员工签署自动离职协议，否则将采取降薪、调岗等措施，这种情况下，公司主张员工自动离职是不合法的。
规避法定责任
- 公司通过让员工签自动离职来逃避支付经济补偿金、赔偿金等法定责任，是不合法的。根据《劳动合同法》第四十六条，用人单位在特定情况下解除劳动合同应向劳动者支付经济补偿。如果公司未依法支付这些费用，而主张员工自动离职，则属于违法行为。
- 举例：员工因公司未依法缴纳社会保险而提出离职，公司为了逃避支付经济补偿金，要求员工签署自动离职协议，这种情况下，公司主张员工自动离职是不合法的。
欺诈、胁迫或恶意诱导
- 公司以欺诈、胁迫手段或者乘人之危，使员工在违背真实意思的情况下签署自愿离职协议，属于可撤销的民事法律行为。员工有权请求人民法院或仲裁机构予以撤销。此时，公司主张员工自动离职同样是不合法的。
- 举例：公司以威胁降职、降薪等手段，迫使员工签署自动离职协议，员工在签署后感到不满并寻求法律帮助，这种情况下，公司主张员工自动离职是不合法的。
公司单方面要求且无正当理由
- 若公司无正当理由单方面要求员工自动离职，特别是为了规避法律责任而恶意诱导员工签署离职协议，这种行为同样不具有合法性。
员工权益保护建议
收集证据
- 员工应妥善保存与公司沟通的记录、工作证、工资条等相关证据，以便在权益受损时通过法律途径维护自己的合法权益。
法律途径维权
- 如果公司存在违法行为，员工可以通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的权益。例如，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金、经济补偿金等。
总结来说，公司主张员工自动离职的合法性取决于具体情况。员工在面临此类情况时，应了解自己的权益和相关的法律规定，并在必要时采取适当的法律手段来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。