结论：股东在签署退款协议及谅解书后反悔，能否推翻原协议取决于多种因素，包括协议的合法性、是否存在欺诈或胁迫、股东是否已履行退款义务等。以下从不同角度为您详细分析：

一、协议的合法性与有效性

1. 协议内容合法：退款协议及谅解书若是在双方自愿、平等的基础上签订，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么该协议是合法有效的。股东反悔并试图推翻协议，将面临较大的法律障碍。

2. 协议存在瑕疵：如果协议存在欺诈、胁迫、重大误解或显失公平等情形，股东可能有权请求法院或仲裁机构撤销或变更协议。但股东需要承担举证责任，证明协议签订时存在上述瑕疵。

二、股东是否已履行退款义务

1. 已履行退款义务：如果股东已经按照协议约定履行了退款义务，那么其反悔并试图要回已退款项，将缺乏法律依据。此时，公司可以依据协议要求股东继续履行其他义务（如有），或拒绝股东的无理要求。

2. 未履行退款义务：如果股东尚未履行退款义务，但其反悔并拒绝履行，公司可以依据协议向法院提起诉讼，要求股东履行退款义务，并可能要求股东承担违约责任。

三、股东反悔的法律后果

1. 民事责任：如果股东反悔并违反协议约定，公司有权要求其承担民事责任，包括继续履行、赔偿损失等。具体责任形式将根据协议约定和实际情况确定。

2. 刑事责任（极端情况）：在极端情况下，如果股东的行为构成犯罪（如挪用资金罪），且公司已向公安机关报案，那么股东可能面临刑事责任。但这一情形与股东反悔推翻协议本身无直接关联，而是基于股东的原始违法行为。

四、应对建议

1. 审查协议：公司应首先审查退款协议及谅解书的内容，确认其合法性和有效性。如果协议存在瑕疵或不明确之处，应及时与股东沟通协商，必要时可寻求法律帮助。

2. 保留证据：公司应保留与股东签订协议、股东履行（或未履行）退款义务等相关证据，以备不时之需。这些证据将在后续的法律纠纷中发挥重要作用。

3. 法律途径：如果股东反悔并拒绝履行协议义务，公司可以通过法律途径维护自身权益。这包括向法院提起诉讼、申请仲裁等。在诉讼或仲裁过程中，公司应充分举证证明股东的违约行为及自身损失。

4. 和解与调解：在法律途径之外，公司也可以考虑与股东进行和解或调解。通过协商达成一致意见，可以节省时间和成本，并维护双方的关系。但和解或调解应基于平等、自愿的原则进行。

进一步思考：股东反悔推翻协议的行为不仅可能损害公司的利益，还可能影响公司的声誉和信誉。因此，公司在处理此类纠纷时，应综合考虑法律、商业和声誉等多方面因素，制定合理的应对策略。如果您在处理此类纠纷时遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。