结论概述：公司撤销调解协议且各股东都已签字后，若大股东（原告）反悔，处理方式需依据调解协议的性质、撤销的合法性及反悔的具体情形来综合判断。以下从不同角度为您详细分析。
一、调解协议的性质与撤销的合法性
调解协议的法律效力：
- 调解协议一旦达成并签字，通常具有法律约束力，各方应履行协议内容。
- 若调解协议是在法院调解下达成，并经法院确认制作成调解书，则该调解书具有强制执行力。
撤销调解协议的合法性：
- 撤销调解协议需有合法理由，如存在欺诈、胁迫、重大误解或显失公平等情形。
- 若撤销行为本身不合法，如未经法定程序或缺乏合法理由，则撤销行为可能无效。
二、大股东反悔的具体情形与处理
大股东反悔且撤销行为合法：
- 若调解协议已被合法撤销：此时，调解协议自始无效，各方无需继续履行。大股东反悔，实际上是对撤销后状态的确认，无需特别处理。但需注意，撤销调解协议可能涉及诉讼程序，需确保撤销行为的合法性得到法院确认。
- 建议：在此情形下，公司应确保撤销行为的合法性，并保留相关证据。若大股东反悔引发争议，可寻求法律途径解决，如提起确认撤销行为效力的诉讼。
大股东反悔但撤销行为不合法：
- 若调解协议未被合法撤销：大股东的反悔行为可能构成违约，需承担违约责任。其他股东可依据调解协议或调解书要求大股东继续履行或赔偿损失。
- 具体处理：
- 协商：首先尝试与大股东协商，寻求和解方案，如重新达成协议或调整原协议内容。
- 诉讼：若协商无果，其他股东可向法院提起诉讼，要求大股东继续履行调解协议或赔偿因违约造成的损失。在诉讼过程中，需提供调解协议、撤销行为不合法的证据等。
三、特殊情形下的处理
调解协议涉及公司重大利益：
- 若调解协议涉及公司重大利益，如股权转让、公司合并分立等，大股东的反悔可能对公司产生重大影响。此时，公司应谨慎处理，必要时可召开股东会或董事会，讨论并决定应对措施。
调解协议存在瑕疵：
- 若调解协议本身存在瑕疵，如内容不明确、存在歧义等，可能导致各方对协议内容理解不一致。在此情形下，大股东的反悔可能基于对协议内容的误解。此时，各方应重新审视协议内容，必要时可寻求法律解释或补充协议。
四、法律建议与风险提示
法律建议：
- 在处理此类纠纷时，建议公司及各股东保持冷静，通过合法途径解决争议。
- 保留相关证据，如调解协议、撤销行为的证据、协商记录等，以备不时之需。
- 必要时，可寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保护。
风险提示：
- 撤销调解协议需谨慎，确保撤销行为的合法性，避免引发不必要的法律纠纷。
- 大股东反悔可能对公司及其他股东造成损失，需及时采取措施应对，防止损失扩大。
总结与进一步行动建议：公司撤销调解协议且各股东都已签字后，若大股东反悔，需根据调解协议的性质、撤销的合法性及反悔的具体情形来综合判断处理方式。建议公司及各股东保持冷静，通过合法途径解决争议，并保留相关证据。如有需要，可直接向我咨询，我将根据具体情况为您提供更详细的法律建议。