结论：非法占有公司4万元并已取得谅解书的情况下，仍可能面临刑事责任，但谅解书会作为量刑情节被考虑，可能减轻处罚。以下从法律责任、谅解书的作用、后续处理建议三个角度详细分析。

1. 法律责任分析

非法占有公司资金4万元，可能涉嫌《刑法》中的职务侵占罪或侵占罪，具体取决于行为人的身份和资金性质：

• 职务侵占罪：若行为人是公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的（6万元以上为“数额较大”标准，但部分地区可能以更低标准立案），处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。4万元虽未达到全国统一标准，但部分地区可能已达到当地立案标准，仍可能被追究刑事责任。
• 侵占罪：若行为人非公司工作人员，或未利用职务便利，而是通过其他手段非法占有公司资金，可能构成侵占罪。侵占罪需被害人自行向法院提起刑事自诉，且数额需达到“数额较大”（通常为1万元以上）才立案。4万元已达到标准，但若已退还并取得谅解，法院可能酌情从轻处理。

关键点：无论构成何罪，非法占有公司资金的行为均可能面临刑事处罚，谅解书仅影响量刑，不免除刑事责任。

2. 谅解书的作用

谅解书是被害人（公司）出具的书面文件，表明对行为人的行为予以谅解，并请求司法机关从轻、减轻或免除处罚。在刑事诉讼中，谅解书属于量刑情节，可能产生以下效果：

• 从宽处罚：根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，取得被害人谅解的，法院可酌情从轻处罚；犯罪情节轻微的，甚至可能免予刑事处罚或适用缓刑。
• 降低社会危害性评价：谅解书表明行为人已通过退赔、道歉等方式弥补损失，降低了其行为的社会危害性，司法机关可能因此调整量刑幅度。

注意：谅解书不等于“无罪证明”，司法机关仍需根据事实和法律独立判断是否构成犯罪及如何量刑。

3. 后续处理建议

• 主动配合调查：若案件已进入司法程序（如公安机关立案、检察院审查起诉），行为人应积极配合调查，如实陈述事实，避免逃避或抗拒。
• 争取从宽处理：除谅解书外，行为人还可通过以下方式争取从宽：
  • 退赔全部损失：若尚未退赔，应尽快退还4万元及可能产生的利息或损失，以进一步体现悔罪态度。
  • 自愿认罪认罚：在侦查、审查起诉或审判阶段，签署《认罪认罚具结书》，承认指控的犯罪事实并接受处罚，可依法获得从宽处理。
  • 争取缓刑或免刑：若犯罪情节较轻（如初犯、偶犯、退赔及时、取得谅解等），可向司法机关申请适用缓刑或免予刑事处罚。
• 咨询专业律师：由于案件可能涉及罪名认定、数额标准、量刑情节等复杂问题，建议行为人尽快委托律师介入，制定辩护策略，最大限度维护自身权益。

总结：非法占有公司4万元即使取得谅解书，仍可能面临刑事责任，但谅解书、退赔、认罪认罚等情节可显著减轻处罚。建议行为人积极配合司法机关，同时委托律师提供专业帮助，以争取最优处理结果。如有进一步疑问，可直接向我咨询。