结论：针对占股46%的股东挪用资金100万并希望其退股的问题，可以通过协商、股东会决议、公司章程或股东协议约定、法律途径（如提起诉讼）等多种方式来实现。以下是对这些方法的详细分析：

1. 协商退股：

   • 法律背景：根据《公司法》及相关规定，股东之间可以就退股事宜进行协商，并达成一致意见。
   • 操作建议：首先，尝试与该股东进行友好协商，明确指出其挪用资金的行为已经违反了公司章程和法律法规，要求其退股并赔偿公司损失。在协商过程中，可以邀请其他股东或公司管理层参与，以增加协商的公正性和有效性。

2. 股东会决议退股：

   • 法律背景：根据《公司法》的规定，股东会可以作出决议，对股东的退股事宜进行安排。但需要注意的是，股东会决议需要符合公司章程和法律法规的规定，且不得损害其他股东的合法权益。
   • 操作建议：如果协商无果，可以提议召开股东会，就退股事宜进行表决。在表决前，应确保所有股东都了解该股东挪用资金的情况，并明确退股的具体条件和程序。如果股东会决议通过退股事宜，应按照决议内容执行。但需注意，若该股东拒绝执行股东会决议，可能需要通过法律途径解决。

3. 公司章程或股东协议约定退股：

   • 法律背景：如果公司章程或股东协议中已经明确规定了股东在特定情况下（如挪用资金）的退股条件和程序，那么可以直接依据这些规定来处理。
   • 操作建议：检查公司章程和股东协议，看是否有关于股东退股的相关规定。如果有，且该股东的行为符合退股条件，那么可以按照规定要求其退股。如果公司章程或股东协议中没有相关规定，可以考虑通过修改这些文件来增加相关条款，以便在未来遇到类似情况时能够有明确的处理依据。

4. 法律途径（提起诉讼）：

   • 法律背景：如果上述方法均无法解决问题，且该股东的行为已经严重损害了公司的利益和其他股东的合法权益，那么可以考虑通过法律途径来解决问题。具体来说，可以向法院提起诉讼，要求该股东退股并赔偿公司损失。
   • 操作建议：在提起诉讼前，应收集充分的证据来证明该股东挪用资金的事实和金额，以及这些行为对公司造成的损失。同时，应咨询专业律师的意见，了解诉讼的风险和可能的结果。在诉讼过程中，应积极配合法院的调查和审理工作，以便尽快解决问题。

额外建议：在处理此类问题时，还应考虑公司的整体利益和长远发展。如果退股可能导致公司股权结构发生重大变化或影响公司的正常运营，那么应谨慎处理，并寻求其他解决方案（如要求该股东赔偿损失、限制其表决权等）。

后续行动建议：如果遇到具体操作上的困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议和指导。