股东集体侵占100万属于严重的违法行为，公司或相关利益方应立即采取法律手段维护权益，具体处理方式如下：
固定证据，明确侵占事实
首先需收集并固定股东侵占公司财产的证据，包括但不限于：
- 财务记录（如银行流水、转账凭证、会计账簿）；
- 合同、协议或内部文件（如股东会决议、分红记录、资金使用审批单）；
- 证人证言（如财务人员、其他股东或员工的陈述）；
- 监控录像、邮件、聊天记录等辅助证据。
证据需形成完整链条，证明股东通过虚构交易、挪用资金、隐瞒收入等方式非法占有公司财产。
内部处理：启动股东会或董事会程序
- 若公司章程或股东协议对股东侵占行为有明确规定（如赔偿、除名等），可依据内部规则处理；
- 召开股东会或董事会，形成决议要求侵占股东返还财产、赔偿损失，并明确后续法律行动方案；
- 若侵占股东同时担任董事或高管，可依据《公司法》第149条、第151条，要求其承担赔偿责任，并由公司直接诉讼或股东代表诉讼追责。
刑事报案：追究侵占股东刑事责任
- 股东侵占公司财产可能构成《刑法》第271条的“职务侵占罪”（若股东利用职务便利）或第272条的“挪用资金罪”（若暂时占有、使用资金）。
- 向公安机关经侦部门报案，提交证据材料，要求立案侦查。若成功立案，公安机关将介入调查，可能对侵占股东采取刑事强制措施（如拘留、逮捕）；
- 刑事追责可形成压力，促使侵占股东返还财产或达成和解。
民事诉讼：要求返还财产并赔偿损失
- 以公司名义向法院提起“损害公司利益责任纠纷”之诉，要求侵占股东返还100万及利息，并赔偿因侵占导致的其他损失（如税费、诉讼成本等）；
- 若其他股东知情并协助侵占，可将其列为共同被告，要求承担连带责任；
- 诉讼中可申请财产保全，冻结侵占股东的银行账户、房产、股权等资产，确保执行可行性。
行政投诉：向监管部门举报违规行为
- 若侵占行为涉及虚假出资、抽逃出资等违反《公司法》的情形，可向市场监管部门举报，要求对股东处以行政处罚（如罚款、限制股权变更等）；
- 若侵占资金涉及税务问题（如隐瞒收入未纳税），可向税务机关举报，追究其税务违法责任。
后续建议：
- 完善公司治理结构，明确财务审批流程、股东权利义务，避免类似事件再次发生；
- 定期审计公司财务，对大额资金流动进行监督；
- 若侵占股东拒不配合，可委托律师介入谈判或调解，降低维权成本。
如有进一步细节（如侵占方式、公司类型、股东关系等），可向我补充说明，我会结合具体情形提供更精准的建议。