当公司财产被法人股东侵占时，这是一个严重的问题，需要采取一系列措施来保护公司的权益。以下是一些详细的建议，帮助您应对这种情况：
一、初步应对措施
内部调查与证据收集：
- 首先，公司应尽快进行内部调查，确认侵占行为的具体情况，包括侵占的财产类型、数量、时间以及涉及的具体股东等。
- 收集相关证据是至关重要的一步。证据可以包括财务记录、合同文件、银行流水、交易凭证、电子邮件、聊天记录等，这些都能有助于证明股东的侵占行为以及财产的归属。
尝试协商：
- 在采取法律行动之前，可以尝试与涉事股东进行协商，要求其返还被侵占的财产并赔偿损失。有时候，通过友好的沟通能够解决问题，避免不必要的法律纠纷。
二、法律途径
民事诉讼：
- 如果协商无果，公司可以依法向法院提起民事诉讼，要求股东返还被侵占的财产并赔偿因此造成的经济损失。
- 在提起诉讼时，需要准备充分的证据材料，并聘请专业的律师来代表公司出庭，以确保诉讼的顺利进行。
刑事控告：
- 如果股东侵占公司财产的行为数额较大，可能构成职务侵占罪等刑事犯罪。在这种情况下，公司可以向公安机关报案，由公安机关立案侦查，并依法追究涉事股东的刑事责任。
- 需要注意的是，刑事控告需要更加严格的证据标准和程序要求，因此公司在报案前应确保已经收集了充分的证据材料。
三、其他注意事项
保护公司利益：
- 在整个处理过程中，公司应始终将保护自身利益放在首位。除了采取法律手段外，还可以考虑通过其他途径来维护公司的声誉和形象，比如发布声明、澄清事实等。
加强内部管理：
- 为了防止类似事件的再次发生，公司应加强内部管理，建立健全的财务制度和监管机制。同时，还应加强对股东的教育和培训，提高他们的法律意识和道德水平。
寻求专业帮助：
- 在处理这类复杂的问题时，公司可以寻求专业的法律、财务和公关等方面的帮助。这些专业人士能够为公司提供有针对性的建议和解决方案，帮助公司更好地应对危机。
综上所述，当公司财产被法人股东侵占时，公司应迅速采取行动，通过内部调查、证据收集、协商以及法律途径等多种方式来维护自身的权益。同时，加强内部管理和寻求专业帮助也是预防类似事件再次发生的重要措施。