结论：员工盗窃公司财产1000元以下，公司不可以直接扣工资来处理，但可以通过合法途径追究员工责任并挽回损失。

分析说明：

1. 关于扣工资：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 然而，这一规定并不适用于员工盗窃等违法行为。盗窃是违法行为，公司不能通过直接扣工资的方式来处理，而应该通过法律途径来追究员工的责任。

2. 合法处理途径：

   • 报警处理：公司可以向公安机关报案，由公安机关依法对员工进行调查处理。如果盗窃行为成立，员工可能会面临行政处罚或刑事处罚。
   • 内部处理：公司可以根据内部规章制度对员工进行纪律处分，如警告、记过、解雇等。但需要注意的是，内部处理不能违反法律法规的规定，也不能侵犯员工的合法权益。
   • 民事赔偿：如果公司因员工的盗窃行为遭受了经济损失，可以向法院提起民事诉讼，要求员工赔偿损失。

3. 关于1000元以下的盗窃：

   • 无论盗窃金额大小，盗窃行为都是违法的。公司不能因为盗窃金额较小就忽视或放任这种行为，而应该依法处理，以维护公司的合法权益和正常的经营秩序。

行动建议：

• 公司应立即向公安机关报案，并提供相关证据，以便公安机关依法处理。
• 公司应审查内部规章制度，确保对员工盗窃等违法行为的处理有明确规定，并依法进行内部处理。
• 如果公司因盗窃行为遭受了经济损失，可以考虑向法院提起民事诉讼，要求员工赔偿损失。

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