员工因偷窃公司财物，公司不能随意直接扣工资，但可以在符合法律规定的前提下，要求员工赔偿经济损失，并从工资中扣除相应金额。以下是详细分析：

一、公司不得随意克扣工资

根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资，仅在以下法定情形下可代扣工资：

1. 用人单位代扣代缴的个人所得税；
2. 用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
3. 法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
4. 法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

员工偷窃行为并不属于这些法定情形，因此公司不能直接扣工资作为惩罚。同时，《中华人民共和国劳动法》第五十条也明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。

二、公司可要求员工赔偿经济损失

若员工的偷窃行为给公司造成了经济损失，公司有权要求员工承担赔偿责任。这是基于《工资支付暂行规定》第十六条的规定，用人单位可按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但需注意以下几点：

1. 扣除比例限制：每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。
2. 最低工资标准：扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
3. 协商一致：应与员工进行协商并达成一致意见，确保扣除行为的合法性和合理性。

三、公司正确的处理方式

1. 依据劳动规章制度处理：

   • 如果公司的劳动规章制度已将员工偷窃行为规定为严重违纪，并且该规章制度经过民主程序制定且已向员工公示，公司可以依据此规章制度对员工进行处罚，包括警告、解除劳动合同等。但同样不能直接从工资中扣除款项作为惩罚。

2. 报警与追究法律责任：

   • 若员工偷窃行为构成盗窃罪（即盗窃金额较大或存在多次盗窃等情形），公司应及时报警，由公安机关依法进行刑事立案，并追究其刑事责任。
   • 即使不构成犯罪，但违反了治安管理，公司同样可以报警，由公安机关给予员工治安处罚。

3. 要求民事赔偿：

   • 对于员工偷窃行为给公司造成的经济损失，公司可以要求员工进行赔偿。赔偿金额和方式应首先通过协商确定；若协商不成，公司可以通过合法的民事途径，如向劳动争议仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起民事诉讼，来要求员工赔偿损失。在判决或裁定后，赔偿款可以从员工的工资中扣除，但需遵守上述扣除比例和最低工资标准的限制。

四、实际案例与法律后果

假设某员工因偷窃公司财物被公司发现，公司首先应依据内部规章制度进行调查，并收集相关证据。若证据确凿，公司可以依据规章制度对员工进行处罚，如解除劳动合同。同时，公司可以要求员工赔偿因偷窃行为造成的经济损失。若员工拒绝赔偿或赔偿金额无法达成一致，公司可以通过法律途径解决。在此过程中，公司需确保所有措施均符合法律法规的要求，避免因处理不当而引发劳动纠纷或法律风险。

总结来说，面对员工偷窃公司财物的行为，公司不能擅自扣减员工工资作为惩罚。而应遵循合法程序，通过依据劳动规章制度处理、报警追究法律责任以及要求民事赔偿等方式来维护自身的合法权益。如果你或你所在的公司遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议。