结论前置：员工盗窃公司财物，公司不能直接扣工资作为惩罚，但可以依法追究员工的法律责任并进行内部处理。
一、法律对工资支付的规定
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》的相关规定，工资是劳动者基于劳动关系提供正常劳动后应得的报酬，用人单位不得以任何非法定理由克扣或无故拖欠劳动者的工资。这意味着，即使员工存在盗窃行为，只要其提供了正常劳动，公司仍有支付工资的法定义务。
二、盗窃行为与工资支付的关系
盗窃行为的法律性质：
- 员工盗窃属于违法行为，根据盗窃财物的价值大小，可能面临不同的法律后果。若财物价值较小，可能违反《中华人民共和国治安管理处罚法》，导致拘留、罚款等行政处罚；若财物达到一定数额，则可能触犯《中华人民共和国刑法》，构成盗窃罪，需承担刑事责任。
工资支付义务的独立性：
- 工资支付与员工的盗窃行为是两个独立的法律关系。前者是基于劳动合同产生的经济权利，后者则是员工个人的违法行为。因此，公司不能因员工盗窃而拒绝支付其已提供劳动对应的工资。
三、公司可以采取的合法措施
依据劳动规章制度处理：
- 如果公司的劳动规章制度已将员工盗窃行为规定为严重违纪，并且该规章制度经过民主程序制定且已向员工公示，公司可以依据此规章制度对员工进行处罚，包括警告、解除劳动合同等。但不能直接从工资中扣除款项作为惩罚。
报警并追究法律责任：
- 若员工盗窃行为构成盗窃罪（即盗窃金额较大或存在多次盗窃等情形），公司应及时报警，由公安机关依法进行刑事立案，并追究其刑事责任。
- 即使不构成犯罪，但违反了治安管理，公司同样可以报警，由公安机关给予员工治安处罚。
要求民事赔偿：
- 对于员工盗窃行为给公司造成的经济损失，公司可以要求员工进行赔偿。赔偿金额和方式应首先通过协商确定；若协商不成，公司可以通过合法的民事途径，如向劳动争议仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起民事诉讼，来要求员工赔偿损失。在判决或裁定后，赔偿款可以从员工的工资中扣除，但扣除后的工资不得低于当地的最低工资标准。
四、具体操作建议
收集证据：
- 公司应立即收集相关证据，如监控录像、证人证言、被盗物品清单等，以证明员工的盗窃行为及造成的损失。
内部处理：
- 根据公司的劳动规章制度，对员工进行相应的纪律处分，如警告、记过、解除劳动合同等。
报警处理：
- 根据盗窃财物的价值和具体情况，及时向公安机关报案，由司法机关依法追究员工的法律责任。
民事赔偿：
- 与员工协商赔偿事宜，若协商不成，则通过法律途径要求员工赔偿损失。
总结：面对员工盗窃公司财物的行为，公司不能擅自扣减员工工资作为惩罚。而应遵循合法程序，通过依据劳动规章制度处理、报警追究法律责任以及要求民事赔偿等方式来维护自身的合法权益。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。