结论：实际施工人与转包人达成调解协议后撤诉，在一定条件下仍然可以对发包人行使代位权诉讼。以下是对此问题的详细分析：
一、代位权诉讼的法律依据
根据《中华人民共和国民法典》第五百三十五条：“因债务人怠于行使其债权或者与该债权有关的从权利，影响债权人的到期债权实现的，债权人可以向人民法院请求以自己的名义代位行使债务人对相对人的权利，但是该权利专属于债务人自身的除外。代位权的行使范围以债权人的到期债权为限。债权人行使代位权的必要费用，由债务人负担。相对人对债务人的抗辩，可以向债权人主张。”
在建设工程施工合同纠纷中，如果实际施工人（债权人）对转包人（债务人）享有到期债权，而转包人怠于行使其对发包人（相对人）的债权，导致实际施工人的到期债权无法实现，那么实际施工人有权依据上述法律规定，对发包人行使代位权诉讼。
二、达成调解协议后撤诉对代位权诉讼的影响
调解协议的性质：调解协议是双方自愿达成的，具有法律约束力。如果实际施工人与转包人已经就债权债务问题达成了调解协议，并且该协议已经生效，那么这并不影响实际施工人对发包人行使代位权诉讼的权利。因为调解协议只是解决了实际施工人与转包人之间的债权债务关系，并没有涉及转包人对发包人的债权。
撤诉的影响：撤诉是原告在诉讼过程中自愿放弃诉讼权利的行为。如果实际施工人在与转包人达成调解协议后选择撤诉，这并不意味着其放弃了向发包人行使代位权诉讼的权利。只要实际施工人对转包人的债权仍然存在，且转包人怠于行使其对发包人的债权，实际施工人仍然可以依据法律规定对发包人提起代位权诉讼。
三、行使代位权诉讼的条件
债权到期：实际施工人对转包人的债权必须已经到期。如果债权尚未到期，那么实际施工人无权行使代位权诉讼。
债务人怠于行使债权：转包人必须怠于行使其对发包人的债权。如果转包人已经积极向发包人主张债权，或者正在通过其他法律途径解决债权问题，那么实际施工人无权行使代位权诉讼。
影响债权人到期债权实现：转包人怠于行使其债权的行为必须影响了实际施工人的到期债权实现。如果实际施工人的债权并未受到转包人怠于行使债权行为的影响，那么实际施工人无权行使代位权诉讼。
四、建议与注意事项
收集证据：在实际施工人准备对发包人行使代位权诉讼时，必须收集充分的证据来证明其对转包人的债权已经到期、转包人怠于行使其对发包人的债权以及这种行为影响了其到期债权的实现。
咨询专业律师：由于代位权诉讼涉及复杂的法律关系和证据收集问题，建议实际施工人在行使代位权诉讼前咨询专业律师的意见，以确保诉讼的顺利进行和胜诉的可能性。
注意诉讼时效：在实际施工人准备对发包人行使代位权诉讼时，还需要注意诉讼时效的问题。如果超过了法律规定的诉讼时效期间，那么实际施工人将失去胜诉的权利。
综上所述，实际施工人与转包人达成调解协议后撤诉，并不影响其对发包人行使代位权诉讼的权利。只要满足代位权诉讼的条件，实际施工人仍然可以依法对发包人提起诉讼。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。