公司薪酬结构调整仅由员工代表签字，这一做法在大多数情况下是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
劳动合同变更需双方协商一致：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则。薪酬结构作为劳动合同的重要组成部分，其调整直接关系到劳动者的切身利益，因此必须由用人单位与劳动者个人进行协商，并达成一致意见。
- 员工代表虽然可以代表员工群体进行某些事务的协商，但在涉及个人劳动合同变更的问题上，员工代表并不能替代劳动者个人进行决策。因此，仅由员工代表签字同意薪酬结构调整，并不符合法律规定的协商一致原则。
民主程序与集体合同：
- 在某些情况下，用人单位可能通过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）来制定或修改规章制度，包括薪酬制度。然而，这种民主程序并不等同于与每个劳动者个人进行协商。
- 如果薪酬结构调整是通过集体合同的形式进行的，那么需要确保集体合同的签订程序合法，且内容不违反法律法规的强制性规定。但即便如此，集体合同也不能直接替代个人劳动合同中的薪酬条款，除非劳动者个人明确表示同意。
实际操作角度
员工代表的授权问题：
- 员工代表通常是由员工选举产生的，代表员工群体进行某些事务的协商。然而，员工代表的授权范围是有限的，通常不包括代表员工个人同意劳动合同变更等重大事项。
- 如果用人单位试图通过员工代表来签字同意薪酬结构调整，那么需要确保员工代表已经获得了劳动者个人的明确授权，且这种授权是合法有效的。但在实际操作中，这种授权往往难以实现。
员工权益保护：
- 薪酬结构调整直接关系到劳动者的经济利益，因此必须确保劳动者的知情权、参与权和表达权得到充分保障。
- 仅由员工代表签字同意薪酬结构调整，可能会剥夺劳动者个人的这些权利，导致劳动者在不知情或不同意的情况下被迫接受薪酬调整。这不仅违反了法律法规的规定，也损害了劳动者的合法权益。
建议与后果
合法合规的调整方式：
- 如果用人单位确实需要调整薪酬结构，应当与劳动者个人进行协商，并达成一致意见。协商过程中，用人单位应当充分听取劳动者的意见和建议，确保调整方案的合理性和可行性。
- 如果调整方案涉及面较广，用人单位可以通过职工代表大会或全体职工讨论等形式进行民主协商，但最终仍需与劳动者个人签订书面变更协议。
违法调整的后果：
- 如果用人单位仅由员工代表签字同意薪酬结构调整，而未与劳动者个人进行协商或达成一致意见，那么这种调整行为可能被视为违法。
- 劳动者有权向劳动争议调解仲裁机构或人民法院提起诉讼或申请仲裁，要求用人单位恢复原薪酬结构或支付相应的经济补偿。
总结来说，公司薪酬结构调整仅由员工代表签字是不合法的。用人单位应当遵循法律法规的规定，与劳动者个人进行协商并达成一致意见后，才能进行薪酬结构的调整。如果你或你所在的公司面临类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议。