物流公司司机追尾后工资发放问题，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若司机追尾属于职务行为且无重大过失或故意
   根据《民法典》第1191条，用人单位（物流公司）的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。此时：

   • 工资应正常发放：司机追尾是履行职务过程中的意外，公司不得以“事故责任”为由克扣工资，除非劳动合同或公司规章制度明确约定“事故导致公司损失可扣减工资”（但需符合《工资支付暂行规定》第16条，即每月扣减不得超过工资的20%，且剩余工资不低于当地最低工资标准）。
     
   • 公司可追偿：若司机存在故意或重大过失（如酒驾、超速等违反交通法规的行为），公司承担赔偿责任后，可向司机追偿，但追偿与工资发放是独立法律关系，不影响当月工资正常支付。

2. 若司机追尾属于非职务行为（如私自驾车）

   • 工资可能停发：若司机未经公司允许私自驾车发生事故，不属于执行工作任务，公司无需承担侵权责任，且可依据《劳动合同法》第39条（严重违反公司规章制度）解除劳动合同，此时工资发放需按实际出勤或合同约定处理（如无出勤则可能无工资）。
     
   • 例外情形：若公司未明确禁止私自驾车，或司机行为与公司业务存在间接关联（如顺路办私事但未脱离工作范围），可能被认定为职务行为，工资仍需正常发放。

3. 若司机追尾导致公司车辆损坏或货物损失

   • 工资与赔偿分开处理：公司可要求司机赔偿损失，但需通过合法途径（如协商、仲裁或诉讼），不得直接从工资中扣除。若司机同意扣减，需签署书面协议并确保扣减后工资不低于最低标准。
     
   • 保险覆盖情形：若公司购买了车损险或货物运输险，保险公司赔付后，公司一般无权再向司机追偿（除非司机存在故意或重大过失）。

建议行动：

• 司机：保留事故认定书、劳动合同、工资条等证据，若公司克扣工资，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
  
• 物流公司：完善规章制度，明确“职务行为”范围及事故责任处理流程；购买足额保险以分散风险；若需追偿，应通过法律途径而非单方扣减工资。
  

如有具体细节（如事故责任认定、公司规章制度内容等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。