结论：员工按月保底套计件时请假扣假期工资的方式，需根据劳动合同约定、公司规章制度规定以及相关法律法规综合判断，常见情况如下：

1. 劳动合同或规章制度有明确约定
   若劳动合同或公司规章制度中明确规定了“按月保底套计件”模式下请假工资的扣除方式（例如：按保底工资比例扣除、按实际缺勤天数扣除计件工资等），且该约定不违反法律强制性规定（如最低工资标准），则应优先按照约定执行。
   法律依据：根据《劳动合同法》第三条，依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。

2. 无明确约定时的处理原则
   若劳动合同或规章制度未明确约定，则需分情况讨论：

   • 请假期间无计件产量：若员工请假期间未提供劳动，用人单位可扣除与缺勤时间对应的保底工资部分（例如：月保底工资÷21.75天×缺勤天数），但扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
     
   • 请假期间有部分计件产量：若员工请假期间仍完成部分计件工作，用人单位应按实际计件数量支付工资，同时可扣除缺勤时间对应的保底工资差额（例如：保底工资与实际计件工资的差额部分按缺勤比例扣除）。
     法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

3. 特殊情形下的保护

   • 病假工资：若员工请病假，用人单位需按当地规定支付病假工资（通常为保底工资的一定比例，如70%-80%），且不得低于最低工资标准的80%。
     
   • 法定假期：若员工请的是法定节假日、年休假、婚丧假等带薪假期，用人单位不得扣除工资。
     法律依据：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第五条，职工病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%；根据《劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。

建议：

1. 用人单位应完善劳动合同和规章制度，明确“按月保底套计件”模式下请假工资的扣除规则，避免争议；
   
2. 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读相关条款，了解请假工资的扣除方式；
   
3. 若发生争议，可先与用人单位协商，协商不成可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   

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