结论：您有权通过法律途径维护自身权益，但需结合具体情况选择合适方式，起诉并非唯一解决路径。以下从法律分析、维权方式、操作建议三个维度展开说明：
一、法律分析：重复参保的违法性及权益侵害
单位行为违法性
根据《社会保险法》第58条，用人单位必须自用工之日起30日内为职工办理社保登记，费用由单位和个人共同承担。若单位已为您补缴职工社保，又要求您以灵活就业身份参保，属于强制重复参保，违反《社会保险法》第60条“职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴”的规定。
您的权益受损点
- 经济损害：灵活就业社保需个人全额承担费用（约缴费基数的20%），而职工社保中单位应承担大部分（约缴费基数的28%-30%）。单位要求您重复缴费，实质是将单位应承担的社保成本转嫁给您。
- 社保权益冲突：若两地同时参保，退休时可能面临社保关系转移接续问题，甚至因重复缴费需退还部分费用，导致实际保障降低。
二、维权方式：起诉并非首选，但可作为最终手段
优先协商与投诉
- 与单位协商：要求单位停止要求重复参保，并退还已缴纳的灵活就业社保费用。
- 向社保部门投诉：携带劳动合同、社保缴费记录等证据，向当地社保局劳动监察大队举报单位违法行为。根据《社会保险法》第86条，单位未依法缴纳社保的，社保部门可责令补缴并处滞纳金。
劳动仲裁与诉讼
- 劳动仲裁：若单位拒绝整改，可申请劳动仲裁，主张单位返还重复缴纳的费用，并要求单位依法承担职工社保费用。
- 民事诉讼：若仲裁未果，可向法院起诉，依据《劳动合同法》第38条（未依法缴纳社保）主张解除劳动合同并要求经济补偿，同时要求单位赔偿重复缴费损失。
三、操作建议：分步骤维权，降低风险
固定证据
- 收集劳动合同、工资条、单位要求重复参保的书面通知或聊天记录。
- 打印职工社保缴费记录（可通过“国家社会保险公共服务平台”查询）和灵活就业社保缴费凭证。
分阶段处理
- 第一步：向单位发送书面《异议函》，明确拒绝重复参保并要求退还费用，保留送达证据（如EMS邮寄回执）。
- 第二步：若单位未回应，向社保局劳动监察大队提交投诉材料，要求查处单位违法行为。
- 第三步：若社保部门未有效处理，再申请劳动仲裁或起诉，此时可主张单位行为导致您“被迫离职”，要求支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
四、风险提示：避免因操作不当丧失权益
- 时效性：劳动仲裁时效为1年（自知道权益受损之日起计算），需尽快行动。
- 社保转移：若已重复参保，退休前需办理社保关系转移，避免重复缴费部分无法计入养老金（具体政策以当地社保局为准）。
- 单位报复：若担心单位报复，可匿名投诉或通过工会、职工代表大会等渠道反映问题。
总结：您可通过投诉、仲裁、诉讼等途径维权，建议优先通过行政投诉解决，效率更高且成本较低。若需进一步协助，可提供具体证据材料，我将为您制定详细维权方案。