对于偏远山区历史遗留的农村占用耕地建厂问题，处罚方式需结合具体情况，依据现行法律法规进行综合判断，主要涉及行政处罚、刑事处罚及可能的民事责任，具体如下：

1. 行政处罚

   • 责令退还非法占用的土地：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。
     
   • 限期拆除或没收建筑物：若占用耕地建厂不符合土地利用总体规划，需限期拆除在非法占用土地上的新建建筑物和其他设施，恢复土地原状；若符合规划，则可能没收建筑物并处罚款。
     
   • 罚款：罚款标准为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下（具体根据占用耕地类型及情节严重程度确定）。
     
   • 耕地开垦费补缴：若占用耕地导致耕地破坏，需按《土地管理法实施条例》补缴耕地开垦费，用于开垦新耕地以补偿损失。

2. 刑事处罚（若构成犯罪）

   • 非法占用农用地罪：根据《刑法》第三百四十二条，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大（如占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上），造成耕地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
     
   • 量刑情节：若存在“主动消除或减轻危害后果”“配合调查”等情节，可能从轻或减轻处罚；若拒不整改或造成严重后果，则可能从重处罚。

3. 民事责任（若涉及第三方权益）

   • 赔偿损失：若占用耕地建厂导致周边居民或集体经济组织权益受损（如环境污染、土地收益减少），需承担民事赔偿责任。
     
   • 恢复原状：法院可能判决要求责任人恢复土地原状，或承担恢复费用。

4. 历史遗留问题的特殊处理

   • 政策衔接：若建厂行为发生在《土地管理法》修订前（如2004年或2019年修订前），可能适用当时法律，但若持续至今，仍需按现行法律处理。
     
   • 补办手续可能性：若符合土地利用规划且未造成严重后果，可能通过补办用地审批手续（如农用地转用审批）合法化，但需缴纳相关费用并接受处罚。
     
   • 地方政府政策：部分偏远山区可能存在地方性政策（如扶贫项目用地优惠），需结合当地规定综合判断。

建议行动：

1. 立即停止违法行为：避免进一步扩大损失或触发刑事责任。
   
2. 咨询当地自然资源部门：确认土地性质（是否为基本农田）、建厂时间及是否符合规划，评估补办手续可能性。
   
3. 委托专业律师介入：若涉及行政处罚听证、刑事辩护或民事赔偿，律师可协助制定应对策略，争取从轻处理或合法化路径。
   

提示：偏远山区执法力度可能较弱，但法律责任不因地域而免除，建议尽早处理以降低风险。如有进一步细节（如建厂时间、土地性质、是否已受处罚等），可向我补充说明，以便更精准分析。