在不起诉的情况下，分包和包工头有班组工程结清证明时，可以通过以下方式结算农民工工资：

1. 直接依据结清证明支付：

   • 班组工程结清证明是分包和包工头之间就工程款项已经结清的书面确认。若该证明中明确包含了农民工工资的支付情况，或能够间接证明工资已包含在结清款项中，那么可以直接依据此证明，由分包或包工头向农民工支付工资。
   • 支付时，应确保工资直接发放到农民工本人手中，避免通过中间人转手，以减少纠纷风险。同时，要求农民工签字确认收到工资，并保留好相关支付凭证。

2. 签订工资支付协议：

   • 即使有了班组工程结清证明，为了进一步明确工资支付的责任和方式，分包、包工头和农民工之间可以签订工资支付协议。
   • 协议中应详细列明每位农民工的姓名、身份证号码、应发工资数额、支付方式（如现金、银行转账等）、支付时间等关键信息。
   • 协议签订后，各方应严格遵守，确保工资按时足额支付。

3. 利用第三方监管或担保：

   • 如果担心工资支付过程中可能出现纠纷或风险，可以考虑引入第三方机构进行监管或担保。
   • 例如，可以与银行或第三方支付平台合作，将工资款项存入指定账户，由第三方机构根据工资支付协议进行划转。
   • 或者，要求分包或包工头提供担保物或担保人，以确保工资支付的安全性。

4. 加强沟通与协调：

   • 在整个工资支付过程中，分包、包工头和农民工之间应保持密切沟通，及时解决可能出现的问题。
   • 如果遇到工资支付困难或纠纷，应积极协商解决，避免矛盾升级。必要时，可以寻求劳动监察部门或行业协会的帮助和调解。

额外建议：

• 保留好相关证据：无论是班组工程结清证明、工资支付协议还是其他相关证据，都应妥善保管，以备不时之需。
• 关注法律法规变化：农民工工资支付问题受到国家法律法规的严格保护，应关注相关法律法规的变化，确保工资支付行为合法合规。
• 建立长效机制：为了避免类似问题的再次发生，建议分包和包工头建立长效的工资支付机制，确保农民工工资能够按时足额支付。

在处理农民工工资支付问题时，务必保持谨慎和负责的态度，确保每位农民工的合法权益得到保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。