在不起诉的情况下，分包和包工头出具的班组工程结清证明，与农民工工资的关系需分情况讨论：
若结清证明明确包含农民工工资已付清的内容：
- 法律效果：该证明在法律上构成对农民工工资支付情况的一种确认。如果证明内容真实、合法，且农民工也认可这一事实，那么从法律层面讲，可以认为农民工的工资已经得到了妥善解决。
- 潜在风险：然而，如果农民工实际上并未收到工资，或者对工资支付情况存在异议，那么这份证明可能并不能完全保障农民工的权益。因为证明本身只是书面证据，其真实性、合法性以及与实际情况的符合程度，都可能成为后续争议的焦点。
若结清证明未明确提及农民工工资，或仅提及工程款结清：
- 法律效果：在这种情况下，结清证明主要关注的是工程款的支付情况，而并未直接涉及农民工工资。因此，这份证明并不能直接证明农民工的工资已经得到支付。
- 农民工权益保障：农民工仍然有权要求分包或包工头支付其应得的工资。如果分包或包工头拒绝支付，农民工可以通过协商、投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自己的权益。
额外建议与法律背景：
- 保留证据：无论结清证明是否明确提及农民工工资，农民工都应尽可能保留与工资支付相关的所有证据，如工资条、银行转账记录、工作记录等。这些证据在后续争议解决中可能起到关键作用。
- 及时维权：如果农民工发现自己的工资未得到支付，应及时采取行动，避免超过法定的诉讼时效或劳动仲裁时效。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 法律途径：在协商无果的情况下，农民工可以向当地劳动保障监察机构投诉，或者申请劳动仲裁。如果对劳动仲裁结果不满，还可以向人民法院提起诉讼。
总结与启示：
班组工程结清证明与农民工工资的关系并非绝对，而是取决于证明的具体内容以及农民工的实际情况。因此，农民工在面对这类证明时，应保持警惕，仔细审查证明内容，并保留好相关证据。如果遇到工资支付问题，应及时寻求法律帮助，通过合法途径维护自己的权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。