结论：三个月没入职，劳动合同本身不会因时间流逝而自动“废除”，但具体是否有效及后续处理需分情况讨论。

详细分析：

1. 劳动合同的成立与生效：

   • 劳动合同的成立通常自双方签字或盖章时成立，而生效则可能根据合同约定或法律规定。若合同中明确约定了生效条件（如入职日期），且该条件未成就，则合同可能未生效。但“未生效”并不等同于“废除”或“无效”，它只是意味着合同在当前状态下不产生法律约束力。
   • 若合同未明确约定生效条件，或约定的条件已成就（如双方已签字且无其他特殊约定），则合同自成立时即生效。此时，即使劳动者未实际入职，合同仍然有效，只是双方可能因未实际履行而面临违约责任等问题。

2. 未入职的可能原因及处理：

   • 劳动者原因：若因劳动者个人原因（如健康问题、家庭变故等）导致未能入职，且双方未就合同解除达成一致，则合同可能继续有效，但用人单位可能因劳动者未履行合同义务而主张违约责任（如要求赔偿招聘成本等）。不过，在实际操作中，用人单位通常会与劳动者协商解除合同或重新约定入职时间。
   • 用人单位原因：若因用人单位原因（如岗位调整、招聘计划变更等）导致劳动者未能入职，则用人单位可能构成违约。此时，劳动者有权要求用人单位承担违约责任（如支付违约金、赔偿损失等），并有权选择是否继续履行合同（即要求入职）或解除合同并要求赔偿。

3. 劳动合同的解除与终止：

   • 无论何种原因导致劳动者未入职，若双方希望解除或终止合同，均应遵循法定程序。例如，双方可以协商一致解除合同；或者，在符合法定条件时（如用人单位未按照合同约定提供劳动条件等），劳动者可以单方解除合同并要求赔偿。
   • 需要注意的是，即使合同未实际履行（即劳动者未入职），若合同已经生效且双方未就解除达成一致，则合同仍然存在并可能产生法律后果。因此，建议双方在未入职情况下及时沟通并明确合同状态及后续处理方式。

4. 特殊情况下的处理：

   • 若合同中明确约定了“若劳动者未在指定日期入职，则合同自动失效”等条款，则该条款可能因违反法律强制性规定（如限制劳动者就业自由等）而被认定为无效。此时，合同不会因未入职而自动失效。
   • 另外，若因不可抗力等因素导致劳动者无法入职（如自然灾害、疫情等），则双方可以根据实际情况协商处理合同事宜，包括延期入职、解除合同等。

法律建议：

• 对于劳动者而言，若因个人原因无法入职，建议及时与用人单位沟通并说明情况，协商解除或变更合同；若因用人单位原因无法入职，则有权要求用人单位承担违约责任并协商后续处理方式。
• 对于用人单位而言，若因各种原因导致劳动者无法入职，建议及时与劳动者沟通并说明情况，协商解除或变更合同；同时，应妥善保管相关证据（如招聘记录、沟通记录等），以备不时之需。
• 在任何情况下，双方均应遵循法定程序处理合同事宜，避免产生不必要的法律纠纷。

可能法律后果：

• 若双方未就合同解除或变更达成一致且合同已经生效，则任何一方擅自解除或变更合同均可能构成违约并承担相应法律责任。
• 若因合同未实际履行而产生争议（如招聘成本赔偿等），则双方可能需要根据实际情况通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。