员工三个月不上班并不会自动解除劳动合同。劳动合同的解除需遵循法定程序和条件，具体处理方式需根据公司规章制度和劳动合同条款来确定。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律层面不存在“自动解除劳动合同”的情形
根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同的解除必须满足法定或约定的条件，并严格遵循法律程序。因此，不存在因员工长时间不上班就自动解除劳动合同的法律规定。
二、劳动合同解除的主要情形
- 双方协议解除：用人单位与劳动者在协商一致的基础上，可以解除劳动合同。
- 员工自行解除：劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位（试用期内为提前三日），可以解除劳动合同。
- 雇主单方解除：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，雇主可单方解除劳动合同的情形包括劳动者严重违反用人单位规章制度的等。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条，其他一些用人单位可解除劳动合同的情形，如在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作等。
三、员工三个月不上班的常见处理方式及法律依据
旷工处理：
- 性质认定：员工无正当理由连续三个月不上班，通常被视为旷工。
- 单位规章制度的作用：若公司规章制度明确规定连续旷工达到一定天数（如连续旷工15天或累计旷工30天）为严重违纪行为，且该制度已经民主程序制定并向员工公示，则用人单位可依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项“严重违反用人单位的规章制度的”规定，解除与该员工的劳动合同。
- 通知工会程序：虽然非必经程序，但用人单位在单方解除劳动合同时，应事先将理由通知工会，并研究工会的意见。
医疗期相关情况：
- 法定医疗期内：若员工因病或非因工负伤需停止工作治疗，在规定的医疗期内，用人单位不得随意解除劳动合同。医疗期的长度根据员工实际工作年限和本单位工作年限确定。
- 医疗期届满：医疗期届满后，若员工仍不能从事原工作或用人单位另行安排的工作，用人单位可提前30日书面通知或额外支付1个月工资后，依据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条第一项解除劳动合同，但需支付经济补偿。
特殊情况考虑：
- 如因不可抗力等客观原因导致员工无法上班，或员工与用人单位有特殊请假约定且双方认可，用人单位不能简单以员工长时间未上班为由解除劳动合同，而应根据具体情况协商处理或依法执行。
请假与准假手续：
- 如果员工有请假和准假手续，即使长时间未上班，劳动合同也不会因此解除。
- 若无请假和准假手续，用人单位可将此视为旷工，并按公司规章制度处理。
四、用人单位的注意事项
- 在解除劳动合同时，用人单位必须遵守《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，包括提前通知劳动者、支付经济补偿金（如适用）等。
- 直接辞退员工而不遵循法定程序，用人单位可能面临违法解除劳动合同的风险，并需承担相应法律责任。
总结与建议：
员工三个月不上班并不会自动解除劳动合同。用人单位在处理此类问题时，应严格依据相关法律法规和公司规章制度，并确保遵守法定程序，以保障双方的合法权益。如果用人单位遇到此类情况，建议先与员工进行沟通，了解其不上班的原因，并根据具体情况采取相应的处理措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。