结论前置：员工两三个月没来上班，并不会自动解除劳动关系。劳动合同的解除需遵循法定程序和条件，具体处理方式需根据公司规章制度和劳动合同条款来确定。下面我将从不同角度为您详细分析这一问题。
一、法律层面分析
根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同的解除必须满足法定或约定的条件，并严格遵循法律程序。法律层面上并不存在“自动解除劳动合同”的情形。具体来说，劳动合同的解除主要有以下几种情形：
- 双方协议解除：用人单位与劳动者在协商一致的基础上，可以解除劳动合同。
- 员工自行解除：劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位（试用期内为提前三日），可以解除劳动合同。
- 雇主单方解除：包括因劳动者严重违反用人单位规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害、被依法追究刑事责任等情形，用人单位可以解除劳动合同。
二、员工长时间未上班的处理方式
对于员工两三个月没来上班的情况，用人单位通常可以按照以下方式处理：
旷工处理：
- 性质认定：员工无正当理由连续长时间不上班，通常被视为旷工。
- 单位规章制度的作用：若公司规章制度明确规定连续旷工达到一定天数（如连续旷工15天或累计旷工30天）为严重违纪行为，且该制度已经民主程序制定并向员工公示，则用人单位可依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项“严重违反用人单位的规章制度的”规定，解除与该员工的劳动合同。
- 通知工会程序：虽然非必经程序，但用人单位在单方解除劳动合同时，应事先将理由通知工会，并研究工会的意见。
医疗期相关情况：
- 法定医疗期内：若员工因病或非因工负伤需停止工作治疗，在规定的医疗期内，用人单位不得随意解除劳动合同。医疗期的长度根据员工实际工作年限和本单位工作年限确定。
- 医疗期届满：医疗期届满后，若员工仍不能从事原工作或用人单位另行安排的工作，用人单位可提前30日书面通知或额外支付1个月工资后，依据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条第一项解除劳动合同，但需支付经济补偿。
特殊情况考虑：
- 如因不可抗力等客观原因导致员工无法上班，或员工与用人单位有特殊请假约定且双方认可，用人单位不能简单以员工长时间未上班为由解除劳动合同，而应根据具体情况协商处理或依法执行。
请假与准假手续：
- 如果员工有请假和准假手续，即使长时间未上班，劳动合同也不会因此解除。
- 若无请假和准假手续，用人单位可将此视为旷工，并按公司规章制度处理。
三、用人单位的注意事项
- 遵守法定程序：在解除劳动合同时，用人单位必须遵守《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，包括提前通知劳动者、支付经济补偿金（如适用）等。
- 保留证据：用人单位应妥善保留员工旷工的证据、公司规章制度的制定及公示证据、催告通知和解除通知的送达凭证等，以备不时之需。
- 避免违法解除：直接辞退员工而不遵循法定程序，用人单位可能面临违法解除劳动合同的风险，并需承担相应法律责任。
举例说明：假设某公司员工小李连续三个月未上班，且未办理任何请假手续。公司规章制度明确规定连续旷工15天可解除劳动合同。在此情况下，公司应首先向小李发送书面催告通知，要求其限期到岗上班并说明旷工事实及后果。若小李在催告期限内仍未到岗，公司可依据规章制度和法律规定解除劳动合同，并书面通知小李解除劳动合同的原因、日期等关键信息。同时，公司应确保整个解除过程合法合规，并妥善保留相关证据。
综上所述，员工两三个月没来上班并不会自动解除劳动合同。用人单位在处理此类问题时，应严格依据相关法律法规和公司规章制度，并确保遵守法定程序，以保障双方的合法权益。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。