当员工自动离职时，劳动合同的解除确实需要遵循一定的法律程序和规定，以确保双方的权益得到妥善保障。以下是我为您详细梳理的关于员工自动离职后如何解除劳动关系的步骤及注意事项：

一、核实离职情况并留存证据

1. 多渠道核实：企业应首先通过联系员工本人、紧急联系人、查看考勤记录和工作系统记录等多种方式，确认员工是否确实已自动离职，并确定其离岗且无返回意向。
2. 留存关键证据：若员工未按规定办理离职手续而擅自离岗，企业应留存相关证据，如考勤记录、同事证言、通讯记录等。这些证据在后续可能出现的劳动纠纷中将起到至关重要的作用。

二、依法履行通知程序

1. 书面通知返岗：在确认员工自动离职后，企业应以书面形式（如EMS、电子邮件等）向员工发送《返岗通知书》，要求其在规定期限内返回公司办理离职手续，包括工作交接、归还公司财物等，并明确告知逾期不返岗的后果。
2. 再次通知解除：若员工在规定时间内未返岗，企业可再次以书面形式发送《解除劳动合同通知书》，明确告知员工因其自动离职行为严重违反公司规章制度，公司决定自通知送达之日起解除与员工的劳动合同关系，并详细说明解除劳动合同的法律依据，如《劳动合同法》第三十九条关于劳动者严重违反用人单位规章制度的规定。

三、妥善办理离职手续

1. 安排工作交接：企业应及时安排其他人员接替离职员工的工作，确保业务连续性。交接内容应包括各类文件资料、未完成的工作任务、办公设备及用品等，并形成书面的交接清单，由交接双方签字确认。
2. 结算工资及社保：根据员工实际出勤情况和公司薪酬制度，结算其应得工资。同时，在规定时间内办理社保和公积金的减员手续，避免产生不必要的费用支出。若员工自动离职给公司造成经济损失，公司有权按照劳动合同和规章制度的约定，要求员工赔偿相应损失。

四、加强法律风险防范

1. 完善规章制度：企业应制定完善且合法有效的规章制度，明确规定员工自动离职的定义、处理程序和相应后果，并确保员工入职时已对这些规章制度进行学习和确认。这有助于企业在处理员工自动离职时有明确的依据和流程。
2. 保护商业秘密：对于涉及商业秘密等重要信息的岗位，企业应采取措施防止信息泄露，如签订保密协议、限制访问权限等。同时，企业还应注意保护自身的知识产权和其他合法权益。
3. 依法追责：如果员工自动离职的行为给单位造成了经济损失或严重违反了单位规章制度，企业有权依据相关法律法规要求员工承担赔偿责任或给予相应处分。

五、注意事项

1. 保留证据：在整个处理过程中，企业应保留好所有相关证据，如考勤记录、工资支付记录、解除劳动合同通知书、返岗通知书等，以备不时之需。
2. 遵守法定程序：无论是企业还是员工，在解除劳动合同时都应遵守法定程序，确保双方的权益得到保障。
3. 避免法律风险：自动离职可能导致员工失去经济补偿金的权利，甚至面临被追究违约责任的风险。因此，建议员工在离职前与企业进行充分沟通，按照法定程序办理离职手续。

综上所述，处理员工自动离职需要企业严格遵循法律法规，确保离职过程的合法性和合规性。同时，企业也应加强内部管理，完善考核、培训等制度，降低员工自动离职的概率，并切实维护自身的合法权益。