关于员工自动离职后劳动关系何时解除的问题，这是一个既涉及法律规定又关乎企业实际操作的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、核心结论
员工自动离职（即“自离”）并不直接导致劳动合同自动解除。劳动关系的解除需要依据企业规章制度、法定程序或双方协商一致来确定。
二、详细分析
法律视角：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，并未明确指出员工自离行为会导致劳动合同自动解除。劳动合同的解除必须遵循法定程序，如双方协商一致、一方提前通知对方等。
企业规章制度的作用：
- 许多企业会在其合法制定的规章制度中明确规定，员工自离达到一定期限（如连续旷工15天或累计旷工30天）后，劳动合同将自动解除。但这些规章制度的制定必须程序合法，内容也需合法，且需公示给劳动者。
- 当员工自离且旷工天数达到规章制度规定的期限时，企业可以依据该规章制度作出解除劳动合同的决定。
实际操作流程：
- 若企业无相关规章制度或规章制度未规定自离内容，又或规章制度存在不合法情形，则不能简单认定自离就导致劳动合同自动解除。
- 在此情况下，企业应首先通过书面形式（如挂号信、EMS等能够证明送达的方式）通知员工限期返回上班，并明确告知逾期不返岗的后果。
- 若员工在通知期限内仍未返岗，企业再发出解除劳动合同的通知。从通知送达员工时起，劳动合同正式解除。
特殊情形的处理：
- 若用人单位没有制定相关规章制度，或规章制度中未明确规定旷工解除劳动合同的条件，则在员工自离的情况下，劳动合同的解除时间可能会存在争议。此时，应结合具体情况，根据公平合理等原则来判断，并可参考行业惯例等因素。
三、重要注意事项
避免违法解除：
- 如果企业未履行上述通知程序而直接认定员工自离并解除劳动合同，可能会被认定为违法解除，从而需要承担支付赔偿金等法律责任。
员工返回权利：
- 如果员工在自离后的一段时间内返回公司并要求继续履行劳动合同，且公司同意，那么劳动合同仍然可以继续有效。
确保解除合法性：
- 企业在解除与自离员工的劳动合同时，应确保已经按照法律规定支付了工资、经济补偿等款项，并且没有违反其他相关法律法规的规定。
四、建议
对于企业而言，在处理自离员工问题时，建议咨询专业律师的意见，以确保解除行为的合法性和合规性，避免可能的法律风险和经济损失。同时，企业也应完善内部规章制度，明确自离等相关问题的处理流程，以维护企业的正常运营和员工的合法权益。
综上所述，员工自动离职并不导致劳动合同自动解除。企业需依据自身规章制度，并严格履行通知程序，才能合法有效地解除劳动合同。