结论：公司倒闭时，员工申请赔偿的主体是公司本身（或其破产管理人/清算组）。具体分析如下：
一、法律主体与责任归属
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十四条第四项及第四十六条第六项规定，用人单位被依法宣告破产导致劳动合同终止的，应当向劳动者支付经济补偿。因此，赔偿义务主体为公司本身。若公司已进入破产程序，则由破产管理人或清算组代表公司处理债权债务，员工需向其申报债权。
二、赔偿范围与标准
经济补偿金
- 计算方式：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的按一年计算；不满六个月的支付半个月工资。
- 月工资标准：劳动合同解除前十二个月的平均工资。若月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，按三倍支付，且补偿年限最高不超过十二年。
- 示例：员工工作5年，月工资1万元（未超当地平均工资三倍），应获补偿5万元（5年×1万元/年）。
其他赔偿
- 拖欠工资/社保：员工可要求公司补发拖欠的工资、补缴社保费用及滞纳金。
- 额外损失：如公司未提前通知导致员工额外支出（如租房违约金），可依据《劳动合同法》第四十条主张赔偿。
三、申请赔偿的流程
协商阶段
- 员工可与公司管理层或清算组沟通，了解财务状况及赔偿方案。若达成一致，需签订书面协议并尽快履行。
劳动仲裁
- 若协商无果，员工应在一年内向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提交劳动合同、工资凭证、破产证明等材料。
诉讼程序
- 对仲裁结果不服的，可在收到裁决书之日起十五日内向法院提起诉讼，通过庭审争取权益。
破产债权申报
- 根据《企业破产法》，员工工资、医疗、伤残补助等债权属于优先受偿范围。员工需在破产管理人指定的期限内申报债权，并配合财产分配程序。
四、关键注意事项
- 时效性：劳动仲裁申请需在一年内提出，逾期可能丧失权利。
- 证据保留：务必保存劳动合同、工资流水、破产公告等材料，以支持诉求。
- 优先受偿权：在破产程序中，员工债权优先于普通债权，但需及时申报。
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五、延伸思考
若公司未进入破产程序，但已停止经营或资不抵债，员工仍可依据《劳动合同法》直接起诉公司要求赔偿。此时，需关注公司是否被吊销营业执照或责令关闭，这些情形同样触发经济补偿义务（《劳动合同法》第四十四条第五项）。
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