工厂订单不足安排部分员工轮休三个月是否合法，需分情况讨论：

1. 若轮休期间工资支付符合法律规定：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。
   • 具体分析：如果工厂在轮休的第一个月按劳动合同约定支付工资，之后轮休期间（假设超过一个月）虽未提供正常劳动，但工厂按照当地最低工资标准或更高标准支付了生活费，且这种安排是出于生产经营需要，并非针对特定员工进行歧视或报复，那么这种轮休安排在法律上是被允许的。

2. 若轮休期间工资支付不符合法律规定：

   • 如果工厂在轮休期间未支付任何工资或生活费，或者支付的金额低于当地最低工资标准，那么这种安排就违反了法律规定。
   • 法律后果：劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求工厂补发工资或生活费，并可能面临劳动监察部门的处罚。同时，劳动者也有权依据《劳动合同法》第三十八条的规定，以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同，并要求工厂支付经济补偿。

3. 关于轮休安排的合理性：

   • 除了工资支付问题外，工厂在安排轮休时还应考虑员工的意愿和公平性。如果工厂仅针对部分员工进行轮休，而其他员工则正常工作，且这种安排缺乏合理的理由（如员工技能、岗位需求等），那么可能构成对员工的歧视或不当对待。
   • 建议：工厂在安排轮休时，应尽量与员工进行协商，确保安排的公平性和合理性。同时，应明确轮休期间的工资支付标准，并在劳动合同或相关规章制度中予以明确。

总结与建议：

• 工厂在订单不足时安排部分员工轮休三个月，其合法性主要取决于轮休期间的工资支付是否符合法律规定。
• 如果工厂能够确保轮休期间的工资支付符合法律规定，并且轮休安排是公平、合理的，那么这种安排在法律上是被允许的。
• 如果工厂在轮休期间未支付或未足额支付工资，或者轮休安排缺乏公平性和合理性，那么劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。

温馨提示：如果您或您身边的同事遇到了类似的问题，或者对轮休安排、工资支付等方面有疑问，欢迎直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。