结论：工厂以经营困难为由逼迫个别员工休三个月是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若未经员工同意且不符合法定情形，则不合法。

分析如下：

1. 劳动合同的约定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同一旦签订，双方均应严格履行。
   • 若劳动合同中明确规定了员工在特定情况下需接受无薪休假或类似安排，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么工厂在符合约定条件的情况下要求员工休假可能是合法的。但在此案例中，并未提及劳动合同中有此类约定，因此，工厂单方面要求员工休假可能缺乏合同依据。

2. 法定情形下的休假：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在特定情况下（如停工停产、经济性裁员前的准备等）可以安排员工休假，但通常需要满足一定的条件，如提前与工会或员工代表协商、支付一定的生活费等。
   • 若工厂确实面临经营困难，且符合法定停工停产或经济性裁员的情形，那么工厂在履行相应程序后安排员工休假可能是合法的。但在此案例中，工厂仅“逼迫”个别员工休假，并未提及已履行相关程序或支付生活费，因此，这种做法可能不合法。

3. 员工同意与协商：

   • 无论何种情况，用人单位在安排员工休假前都应与员工进行充分协商，并取得员工的同意。若员工不同意休假安排，用人单位不得强制执行。
   • 在此案例中，工厂“逼迫”员工休假，显然未与员工进行充分协商，也未取得员工的同意，因此，这种做法不合法。

4. 可能的法律后果：

   • 若工厂未经员工同意且不符合法定情形地安排员工休假，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求工厂支付休假期间的工资、恢复劳动关系或赔偿损失等。
   • 此外，工厂还可能因违反劳动法律法规而面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。

建议：

• 对于员工而言，若遇到工厂未经同意安排休假的情况，应首先与工厂进行协商，要求工厂提供合理的解释和补偿方案。若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于工厂而言，若确实面临经营困难需要安排员工休假，应提前与员工进行充分协商，并履行相应的法定程序（如提前通知、支付生活费等），以避免法律纠纷和不必要的损失。

若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。