核心结论：劳务派遣教师怀孕请代课老师时，工资的计算需根据派遣协议、用工单位与派遣公司的约定以及相关法律法规综合确定，通常涉及派遣教师工资支付主体、代课老师工资承担方以及特殊情形下的处理方式。以下分情况详细说明：

1. 派遣教师工资支付主体
   根据《劳动合同法》第五十八条，劳务派遣单位（即与教师签订劳动合同的公司）是用人单位，应当履行对劳动者的义务，包括按时足额支付工资。因此，怀孕教师的工资（含产假期间工资）原则上应由劳务派遣公司支付，支付标准需符合劳动合同约定及当地生育保险政策（如已缴纳生育保险，产假工资可能由生育津贴替代）。

2. 代课老师工资的承担方
   代课老师的工资由谁支付需分情况讨论：

   • 若用工单位（学校）与派遣公司约定由学校承担：例如派遣协议中明确“因教师请假产生的代课费用由学校承担”，则学校需向派遣公司或代课老师直接支付费用，不影响怀孕教师原工资发放。
     
   • 若派遣协议未约定或约定由派遣公司承担：派遣公司需自行安排代课老师并支付工资，但此费用属于派遣公司的经营成本，不得从怀孕教师工资中扣除。若派遣公司以此为由降低教师工资，可能涉嫌违法。

3. 特殊情形下的处理

   • 产假期间工资与生育津贴：若教师符合生育保险报销条件，产假期间工资由生育保险基金支付（生育津贴）；若未参保或津贴低于原工资，差额部分应由派遣公司补足。
     
   • 用工单位直接聘用代课老师：若学校绕过派遣公司自行招聘代课老师，需与代课老师签订临时用工协议，并自行支付工资，与怀孕教师无关。
     
   • 派遣公司违法操作：若派遣公司以“代课费用”为由克扣教师工资，教师可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求经济补偿。

建议行动：

1. 怀孕教师可要求派遣公司提供劳动合同、派遣协议及工资支付记录，明确各方权利义务；
   
2. 若发现工资被克扣，可先与派遣公司协商，协商不成可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁；
   
3. 用工单位与派遣公司应完善协议条款，避免因代课费用产生纠纷。
   

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