结论：没有做满一年扣除保底工资的做法是否合法，需根据具体情况判断，若劳动合同或规章制度中明确约定了服务期及相应工资扣除条款，且该约定不违反法律法规强制性规定，则可能合法；但若无合法约定或约定违法，则扣除保底工资不合法。以下从不同角度详细分析：
一、劳动合同或规章制度有明确约定的情况
服务期约定：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 若劳动合同或规章制度中明确约定了服务期，以及未满服务期时保底工资的扣除方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如违约金数额合理等），则用人单位在劳动者未满服务期离职时扣除保底工资，可能被视为合法。但需注意，这种扣除应仅限于因劳动者违约给用人单位造成的实际损失范围内，且不得超过法定限额。
工资结构约定：
- 如果劳动合同或规章制度中明确规定了工资结构，包括保底工资、绩效工资等，并约定了未满一定期限离职时保底工资的扣除方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位在劳动者未满期限离职时扣除保底工资，也可能被视为合法。但同样，这种扣除应合理且符合法律法规的规定。
二、劳动合同或规章制度无明确约定或约定违法的情况
无合法约定：
- 若劳动合同或规章制度中未明确约定服务期及保底工资的扣除方式，或约定不明确、存在歧义，则用人单位在劳动者未满一年离职时扣除保底工资，缺乏合法依据，应被视为不合法。此时，劳动者有权要求用人单位支付全额工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
约定违法：
- 即使劳动合同或规章制度中约定了服务期及保底工资的扣除方式，但如果该约定违反了法律法规的强制性规定（如违约金数额过高、扣除工资比例不合理等），则该约定无效。用人单位依据无效约定扣除保底工资，同样应被视为不合法。
三、实际操作建议
审查劳动合同和规章制度：
- 劳动者在入职时，应仔细审查劳动合同和用人单位的规章制度，了解其中关于服务期、工资结构及扣除方式等条款的约定。如发现不合理或违法的约定，应及时与用人单位沟通协商，或向劳动监察部门反映情况。
保留证据：
- 劳动者在离职时，应保留好与用人单位的沟通记录、工资条、劳动合同等证据材料。如用人单位扣除保底工资，劳动者可依据这些证据材料向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
咨询专业律师：
- 如劳动者对劳动合同或规章制度中的条款存在疑问，或遇到用人单位违法扣除工资的情况，可直接向我咨询。我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
总结：没有做满一年扣除保底工资是否合法，需根据劳动合同或规章制度中的具体约定以及法律法规的强制性规定来判断。劳动者在入职和离职时，应仔细审查相关条款，保留好证据材料，并在必要时咨询专业律师以维护自己的合法权益。