结论：在甲乙双方订立的工程合同中，双方各执一份合同原件是最佳实践，以确保合同的法律效力及双方权益。若一方执原件，另一方仅执扫描件，从法律角度虽不直接否定合同效力，但可能带来举证、认可度等方面的风险。

详细分析：

1. 合同原件的法律效力：

   • 合同原件是双方真实意思表示的直接证据，具有最高的法律效力。在发生争议时，原件是最直接、最有力的证据，能够清晰地证明合同的内容及双方的权利义务。
   • 扫描件虽然可以复制原件的内容，但在法律上，其证明力通常低于原件。扫描件可能因复制过程中的失真、篡改或无法确认来源等问题，导致其证明力受到质疑。

2. 一方执原件，另一方执扫描件的风险：

   • 举证风险：在诉讼或仲裁过程中，如果一方仅持有扫描件，而另一方持有原件，持有扫描件的一方可能需要额外提供证据来证明扫描件的真实性和与原件的一致性，这增加了举证的难度和成本。
   • 认可度风险：在某些情况下，法院或仲裁机构可能对扫描件的认可度较低，尤其是当扫描件存在模糊、不清晰或疑似篡改时，可能不被采纳为证据。
   • 合同履行风险：如果合同中涉及重要条款或变更，仅持有扫描件的一方可能难以确保对方按照合同履行义务，因为对方可能以未收到或未确认原件为由进行抗辩。

3. 建议与措施：

   • 最佳实践：双方应各执一份合同原件，以确保合同的法律效力及双方权益。如果因特殊原因无法各执原件，至少应确保双方都持有经对方确认无误的扫描件，并保留确认的证据（如邮件、短信等）。
   • 补充协议：如果双方同意一方执原件，另一方执扫描件，可以签订补充协议明确扫描件的效力、双方的权利义务以及争议解决方式等，以降低潜在风险。
   • 备份与存档：无论持有原件还是扫描件，都应妥善保管并备份，以防丢失或损坏。同时，建议将合同扫描件或复印件存档于安全的地方，以备不时之需。

后续行动建议：

• 如果您已经面临一方执原件、另一方执扫描件的情况，建议尽快与对方沟通，争取各执一份合同原件或签订补充协议明确扫描件的效力。
• 在未来的合同签订中，务必确保双方都持有合同原件，以降低潜在的法律风险。

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