结论：合作合同中，甲方仅提供扫描件在多数情况下是不够的，原件通常具有更高的法律效力，但在特定条件下扫描件也可能被认可。以下从不同角度为你详细分析：
法律效力的角度
原件的法律效力：
- 根据一般的法律原则，合同原件是证明合同关系存在及内容的最直接、最有效的证据。原件具有不可替代性，因为它直接体现了双方当事人的真实意思表示，且未经任何复制或篡改。
- 在诉讼或仲裁等法律程序中，原件通常被视为最具证明力的证据，能够直接支持或反驳当事人的主张。
扫描件的法律效力：
- 扫描件作为原件的复制件，其法律效力通常低于原件。虽然扫描件在形式上可能看起来与原件无异，但它毕竟不是原件，存在被篡改或伪造的风险。
- 在法律程序中，如果仅提供扫描件作为证据，而对方对扫描件的真实性提出异议，那么提供扫描件的一方可能需要进一步证明扫描件与原件的一致性，这可能会增加举证的难度和成本。
合同实际履行的角度
双方约定：
- 如果双方在合同中明确约定了合同的形式要求，比如必须提供原件或者扫描件具有同等法律效力，那么应当遵循合同中的约定。
- 如果合同中没有明确约定，那么根据一般的交易习惯和法律原则，原件通常被视为更可靠、更有效的证据。
实际履行情况：
- 在实际履行过程中，如果双方一直以扫描件作为合同履行的依据，且没有出现任何争议或问题，那么扫描件在一定程度上可能被视为具有法律效力。
- 但是，如果一旦出现争议或问题，比如一方否认合同内容或拒绝履行合同义务，那么提供原件作为证据将更为有利。
法律建议
尽量获取原件：
- 为了确保合同的法律效力和避免潜在的争议，建议尽量获取合同的原件。如果甲方只能提供扫描件，可以要求甲方在扫描件上加盖公章或签字确认，以增加扫描件的可信度。
保留相关证据：
- 如果确实无法获取原件，那么应当保留与扫描件相关的所有证据，比如邮件往来、聊天记录等，以证明扫描件的真实性和双方的真实意思表示。
咨询专业律师：
- 如果你对扫描件的法律效力存在疑虑或担心潜在的法律风险，可以随时向我咨询。我可以根据你的具体情况和合同内容，为你提供更详细、更专业的法律建议。
可能后果：如果仅依赖扫描件而无法提供原件，且对方对扫描件的真实性提出异议，那么你可能需要承担举证不能的法律后果，即你的主张可能无法得到法院或仲裁机构的支持。因此，在签订和履行合同时，务必重视合同原件的保存和提供。