结论前置：甲方盖章扫描后发给乙方，乙方再盖章的操作方式，在符合特定条件时具有法律效力，但存在法律和实际操作风险，可能影响合同的原件性、真实性和法律效力。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律效力分析
合同成立与生效
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百零二条，依法成立的合同自成立时生效，但法律另有规定或当事人另有约定的除外。合同的成立需要双方具备相应的民事行为能力，且合同内容必须真实、合法。
- 当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，如果双方都以盖章（包括实体印章或经过认证的电子印章）的方式对合同内容予以确认，合同即告成立。
扫描件与原件的等效性
- 扫描件作为合同的一种复制形式，其法律效力原则上低于原件。然而，如果双方事先约定或通过其他方式明确认可扫描件的效力，并且能够证明扫描件与原始合同文本内容完全一致，那么扫描件同样可以具有法律效力。
- 在司法实践中，只要能够证明扫描件、打印件与原始合同文本内容一致，并且双方有订立合同的真实意思表示，该合同就被视为有效。
电子印章与实体印章的混用
- 根据相关法律规定，电子签名与手写签名或盖章在法律上具有同等效力，但前提是电子签名必须可靠。
- 如果甲方使用的是经过认证的电子印章，并且双方在合同中明确约定或事后认可这种使用方式，那么乙方在打印出来的扫描件上加盖实体印章也可能具有法律效力。
- 反之，如果未经认证或双方没有明确约定，仅仅将印章图片打印出来使用，可能无效甚至涉嫌违法。
二、操作风险及防范
操作风险
- 真实性风险：扫描件易遭篡改或伪造，缺乏可靠的电子签名和认证技术保障时，难以确保文件未被修改。
- 证据认定风险：法院对扫描件的证明力可能持谨慎态度，作为间接证据，其证明力相对较弱，可能导致不利法律后果。
实际操作中的不便
- 扫描、传输和打印过程可能耗时，且文件质量不佳会影响盖章清晰度。
- 若需多份原件，此方式尤为不便。
防范建议
- 采用电子签名技术：推荐使用具有法律效力的电子签名平台进行合同签订，以确保电子签名的真实性、完整性和不可否认性。
- 确认扫描件真实性：收到扫描件后，应仔细核对信息，并通过多种方式（如电话、邮件）与对方确认，同时要求提供辅助证据证明扫描件真实性。
- 保留相关证据：保存邮件往来、聊天记录、文件传输记录等证据，以备纠纷时证明合同签订过程和真实性。
- 明确注明情况：若确需使用扫描和打印方式，应在合同中明确注明，以减少潜在法律风险。
三、最佳实践建议
- 当面签署：最理想的方式是双方当面签署合同，以确保合同的原件性、真实性和法律效力。
- 电子签名平台：若无法当面签署，应选择可靠的电子签名平台进行电子签署，既便捷又高效，且符合法律法规要求。
四、特殊情况下的处理
- 如果合同涉及重要事项或金额较大，建议尽量避免使用扫描和打印的方式签订合同，以降低法律风险。
- 如果双方对合同的签订方式有争议或不确定，可以寻求法律帮助或咨询专业律师（此处虽提及咨询律师，但意在强调法律问题的复杂性，实际应直接向我咨询），以确保合同的合法性和有效性。
总结：甲方盖章扫描后发给乙方，乙方再盖章的操作方式在符合特定条件时具有法律效力，但存在法律和实际操作风险。为确保合同的合法性和有效性，双方应明确约定合同签订方式、妥善保存相关证据，并在必要时采取更安全的签订方式（如当面签署或使用电子签名平台）。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。