结论前置：乙方签字扫描给甲方盖章的合同，在一般情况下不生效，但在特定情形下可能生效。
一般情形下不生效
合同是双方或多方当事人意思表示达成一致的协议。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，合同需要各方签字、盖章才能成立并生效。如果只有乙方签字扫描给甲方，而甲方尚未盖章，那么这份合同就表明甲方尚未作出同意合同内容的意思表示，双方未达成合意，因此合同并未成立，自然也就不生效。
可能生效的特殊情形
甲方履行主要义务且乙方接受：
- 即使合同只有乙方签字扫描件，但如果甲方已经实际履行了合同的主要义务（如支付款项、提供服务等），并且乙方接受了这种履行行为，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，该合同可以视为成立并生效。例如，乙方将仅有自己签字的合同扫描件发送给甲方，甲方虽未在合同上盖章，但按照合同约定向乙方支付了款项，乙方也接收了款项，此时合同即生效。
另有法律规定或当事人约定：
- 在某些特殊情况下，如果相关法律法规有明确规定，或者双方当事人事先有明确约定，那么即便只有乙方签字扫描件，合同也可能生效。但这种情况相对较少见，且必须有明确的法律依据或事先约定作为支撑。
注意事项与建议
- 确保双方同意：虽然上述讨论了乙方签字扫描件可能生效的特殊情况，但最稳妥的做法仍然是确保双方都同意合同内容，并在合同原件上完成各自的签字或盖章手续。
- 内容真实合法：无论合同是以何种形式存在（纸质原件、扫描件等），其内容都必须真实、合法、有效。否则，即使合同形式上看似完备，也可能因内容违法或虚假而导致无效。
- 证据效力问题：从证据角度来说，扫描件是图片形式，其证明效力相对较低。因为扫描件从技术上可以被篡改，所以除非对方对扫描件认可，否则在发生纠纷时，可能需要提供其他相关证据进行佐证，以形成完整的证据链条。
在实际操作中，为了保障双方的权益，建议尽量采用书面原件的方式签订合同，并在合同上明确双方的权利和义务。如果确实需要使用扫描件，那么应确保双方都同意，并在可能的情况下，通过其他方式（如电子邮件确认、录音等）来佐证扫描件的真实性和合法性。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。