结论前置：在合同甲方签字但乙方未签字盖章的情况下，合同一般不生效。但也存在特殊情形导致合同生效，需结合具体情况分析。
一、合同生效的一般原则
根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，在一般情况下，合同需要双方签字或盖章才能成立并生效。如果合同明确约定需要双方签字才生效，而乙方未签字，则合同通常不成立，也就不具备法律效力。
二、特殊情形下合同的效力认定
尽管签字盖章是合同生效的常规要件，但在某些特殊情况下，即使乙方未签字盖章，合同也可能生效。这些特殊情况包括：
履行主要义务并被接受：
- 如果甲方已经实际履行了合同的主要义务，并且乙方接受了这种履行，那么合同依然可以视为成立并生效。例如，在买卖合同中，即使乙方未签字，但甲方已支付全部货款，且乙方接受了货款并准备发货，此时合同即已生效。不过，这种情况在实际操作中较为少见，因为通常乙方在未签字前不会轻易接受甲方的履行。
法律规定或交易习惯导致的生效：
- 某些合同根据法律规定或行业交易习惯，并不以签字为唯一的生效要件。例如，在即时清结的交易中，如菜市场买菜，双方达成口头协议并立即履行，即使没有书面合同签字，合同关系也成立并生效。但这种情况通常不适用于需要书面形式的合同。
表见代理：
- 如果甲方有合理理由相信代表乙方签字或盖章的人有代理权，即使该人实际上没有代理权，其签字行为也可能构成表见代理，从而使合同有效。不过，这种情况需要甲方提供充分的证据来证明其有理由相信对方有代理权，且在实际操作中较为复杂。
乙方事后追认：
- 如果乙方在合同签订后，通过实际行动（如履行合同义务、接受甲方履行等）或明确表示（如书面确认、口头承认等）对合同进行了追认，那么合同也可能因此生效。
三、合同未生效的后果
当合同因乙方未签字盖章而未生效时，双方可能面临以下后果：
- 权利主张受限：甲方可能无法依据该未生效的合同要求乙方履行义务或承担违约责任。
- 义务免除：乙方也无需承担合同中规定的任何义务。
- 损失赔偿问题：若甲方因信赖该未成立的合同而遭受损失，除非能证明乙方存在过错或欺诈行为，否则可能难以通过法律途径获得救济。
四、实际操作建议
为避免潜在的法律纠纷，建议在签订合同时务必确保所有必要的签字、盖章或按指印手续均已完成。如果乙方因特殊原因无法及时签字盖章，可以考虑以下措施：
- 书面确认：要求乙方通过书面形式（如邮件、短信等）确认合同内容，并明确表示同意签订合同。
- 补充签字盖章：在乙方方便时，及时补充签字盖章手续，确保合同正式生效。
- 咨询专业意见：在签订合同前或遇到问题时，及时向我咨询，以获取准确的法律意见和解决方案。
综上所述，合同甲方签字但乙方未签字盖章的情况下，合同一般不生效。但具体情况还需根据合同的性质、内容以及双方的实际行为来判断。如有任何疑问或争议，请直接向我咨询。