纪委对请假不规范且三年不上班人员的处理，需结合具体情节、单位性质及党纪政纪规定综合判断，可能涉及党纪处分、政务处分或组织处理，具体如下：
1. 定性：是否构成“旷工”或“长期擅离岗位”
根据《公务员法》《事业单位工作人员处分暂行规定》等规定，连续旷工超过15个工作日，或1年内累计旷工超过30个工作日的，单位可解除聘用合同或给予开除处分。若“三年不上班”已远超这一标准，且无合法请假手续，通常会被认定为严重违反工作纪律，甚至涉嫌“玩忽职守”或“渎职”（若造成公共利益损害）。
2. 处理程序：纪委的调查与处分流程
纪委介入后，会按以下步骤处理：
- 初步核实：调查请假记录、考勤记录、单位管理规定等，确认是否存在“未履行请假手续擅自离岗”的事实；
- 立案审查：若情节严重，可能按《中国共产党纪律处分条例》或《公职人员政务处分法》立案，审查是否存在主观故意、是否造成损失等；
- 处分决定：根据调查结果，可能给予警告、记过、降级、撤职、开除等处分（开除是最严厉的处分，适用于情节特别严重者）。
3. 不同单位性质的处理差异
- 公务员/参公单位：依据《公务员法》和《行政机关公务员处分条例》，旷工或无正当理由逾期不归连续超过15天，或一年内累计超过30天的，予以辞退；
- 事业单位：依据《事业单位工作人员处分暂行规定》，旷工连续超过15个工作日或一年内累计超过30个工作日的，可解除聘用合同；
- 国有企业/其他单位：参照单位内部规章制度处理，但若涉及党员，纪委仍可按党纪规定追责。
4. 可能的从轻或从重情节
- 从轻情节：如因重大疾病等客观原因无法到岗，但未及时补办手续（需提供医疗证明等证据）；
- 从重情节：如利用职务便利伪造请假记录、拒不配合调查、造成单位重大损失等，可能加重处分。
5. 后续影响
- 党纪政务处分记录：处分决定会存入个人档案，影响晋升、评优、退休待遇等；
- 经济后果：可能被追缴旷工期间的工资、奖金等；
- 法律责任：若涉及贪污、挪用公款等违法行为，可能移送司法机关追究刑事责任。
建议：若您或他人涉及此类情况，需尽快与单位沟通，补办请假手续或说明情况（如有合理理由）；若已收到处分通知，可依法申请复核或申诉。具体处理需结合单位规定和证据材料，如有疑问可直接向我咨询细节。