结论前置：旷工三天自离后，单位以此为由拒绝支付工资是不合法的，您有权要求用人单位按照实际工作天数支付应得的工资。若协商无果，您可通过向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。
法律分析
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论您因何种原因离职，包括旷工三天自离，单位都应支付您已工作期间的工资。
自动离职的合法性：
- 自动离职并非一个明确的法律概念，其合法性取决于公司的规章制度和劳动合同中的约定。若公司规章制度或劳动合同中明确规定连续旷工达到一定天数（如3日）视为自动离职，并且该规定经过民主程序制定并公示，那么公司在您旷工达到规定天数后，可以依据此规定处理劳动关系。但即便如此，公司仍需依法支付您已提供劳动的报酬。
扣除限制：
- 因您旷工给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过您当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
解决途径
与用人单位协商：
- 您应首先尝试与用人单位进行友好协商，明确表明虽然存在旷工自离的情况，但依法仍有权获得已工作天数的劳动报酬。在协商过程中，您应清晰、诚实地说明自身情况和诉求，争取与用人单位达成和解，让其支付应得的工资。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，您可以向当地的劳动监察部门进行投诉。投诉时需准备好相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明自己在单位的工作情况以及旷工的具体情况。劳动监察部门接到投诉后，会介入调查并督促单位履行支付工资的义务。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门无法解决问题，您可以申请劳动仲裁。申请前需准备好证明劳动关系存在、工作时间和工作量等材料，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录、工作记录、项目文档、同事证言等。撰写劳动仲裁申请书，明确写明自己的基本信息、用人单位的基本信息、仲裁请求（即要求用人单位支付拖欠的工资）、事实和理由等内容。向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请及相关材料，并参与仲裁过程，陈述自己的主张和理由，提供相关证据。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁的结果不满意，您可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要遵循民事诉讼的程序和规则，向法院提交起诉状、证据等材料，并参加庭审。
注意事项
- 保留关键证据：在工作期间，注意保留与工资支付、考勤记录等相关的证据材料，以备不时之需。
- 避免过激行为：在讨薪过程中，不得采用威胁、暴力等手段，否则可能承担法律责任。
- 及时行动：劳动仲裁需在知道权利被侵害之日起一年内提出，逾期可能影响维权效果。
作为牛振平律师，我建议您在维护自身权益时，采取合法途径并准备好相关证据，以确保自己的合法权益得到有效保障。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。