结论：仅持有国有土地使用证以及与乡政府签订的房屋买卖协议，并不能直接判定房产完全合法有效，还需结合其他因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、国有土地使用证的法律意义
国有土地使用证是证明土地使用者使用国有土地的法律凭证，受法律保护。它表明了土地使用权的归属，是土地使用者依法使用土地并获得相应权益的基础。然而，国有土地使用证本身并不直接证明房屋的合法性，它只是土地使用权的证明，房屋的合法性还需考虑房屋建设、规划、审批等多个环节。
二、与乡政府签订的房屋买卖协议的法律效力
协议主体资格：
- 乡政府作为行政机关，其签订房屋买卖协议的行为需符合法律法规的规定。如果乡政府未经授权或超越权限签订协议，该协议可能因主体不适格而无效。
协议内容合法性：
- 房屋买卖协议的内容需符合法律法规的规定，包括房屋的产权状况、交易价格、付款方式、交付时间等。如果协议内容存在违法或违规情形，如房屋产权存在争议、交易价格明显低于市场价等，该协议可能被认定为无效或可撤销。
协议履行情况：
- 即使协议本身合法有效，但如果双方未按照协议约定履行义务，如未支付房款、未交付房屋等，也可能影响房产的合法性。此外，如果房屋存在未解决的产权纠纷或违法建设等问题，即使签订了买卖协议，房产也可能无法合法转移。
三、房产合法性的综合判断
要判断房产是否合法，除了考虑国有土地使用证和房屋买卖协议外，还需考虑以下因素：
房屋建设规划审批：
- 房屋的建设需符合城市规划和土地利用规划，并经过相关部门的审批。如果房屋未经审批或违反规划建设，可能被认定为违法建筑，无法获得合法产权。
房屋产权登记：
- 房屋产权登记是证明房屋所有权的重要依据。如果房屋未进行产权登记或登记信息与实际情况不符，可能影响房产的合法性。
其他相关因素：
- 如房屋是否存在抵押、查封等限制交易的情形，以及房屋是否符合安全、卫生等标准等，也可能影响房产的合法性。
四、法律建议
核实协议效力：
- 建议核实与乡政府签订的房屋买卖协议是否合法有效，包括协议主体资格、内容合法性和履行情况等。
查询房屋产权信息：
- 建议前往相关部门查询房屋的产权信息，包括土地使用权证、房屋产权证等，以确认房屋的产权状况。
咨询专业律师：
- 如果对房产的合法性存在疑问或担忧，建议咨询专业律师进行法律分析和风险评估。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
谨慎交易：
- 在确认房产合法性之前，建议谨慎进行房屋交易，避免因房产问题引发纠纷和损失。
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