针对店里查出过期商品，对于涉及到的店员，处理的方式会依据具体情况和相关法律法规来综合考量。以下是一个详细且深入的处理建议：

首先，要明确的是，销售过期商品是违反《中华人民共和国食品安全法》等相关法律法规的行为，这可能会给消费者带来健康风险，并损害店铺的声誉。因此，一旦发现过期商品，必须立即采取行动。

对于店员的处理：

1. 内部调查：

   • 店铺应首先进行内部调查，了解过期商品是如何出现在货架上的，以及店员是否知情或参与其中。
   • 调查过程中，应确保公正、客观，避免对店员进行无端的指责或误解。

2. 责任认定：

   • 如果调查结果显示店员有过失或故意行为导致过期商品上架销售，那么店铺应根据内部规章制度对店员进行相应的纪律处分，如警告、罚款、降职或解雇等。
   • 如果店员是无辜的，即他们并不知道商品已过期，或者已经按照正常流程进行了检查但未能发现过期商品，那么店铺应考虑对店员进行培训和教育，以提高他们的商品检查能力和食品安全意识。

3. 法律责任：

   • 根据相关法律法规，销售过期商品可能面临民事责任、行政责任甚至刑事责任。如果店员的行为构成违法，他们可能需要承担相应的法律责任。但通常情况下，法律责任主要由店铺（作为销售者）承担，除非店员的行为构成故意或重大过失。
   • 店铺应积极配合相关部门的调查，并根据调查结果采取相应的补救措施，如召回过期商品、赔偿消费者损失等。

4. 预防措施：

   • 店铺应加强商品管理，建立完善的商品检查制度，确保所有商品都在保质期内销售。
   • 定期对店员进行食品安全培训，提高他们的食品安全意识和商品检查能力。
   • 鼓励店员积极报告发现的过期商品或其他食品安全问题，以便及时采取措施防止问题扩大。

实际案例参考： 以福清市城头某餐饮店未及时清理超过保质期的食品案为例，该店因未及时清理过期食品被责令改正并给予警告行政处罚。虽然此案例主要涉及店铺而非单个店员，但它强调了店铺在商品管理方面的责任。如果店员在此案例中存在过失或故意行为，他们同样可能面临内部纪律处分或法律责任。

综上所述，对于店里查出过期商品的情况，店铺应根据内部调查和责任认定结果对店员进行相应的处理，并加强商品管理和食品安全培训以预防类似问题的再次发生。