若市场监督管理部门在店里查出过期商品，商家可能面临行政处罚，具体处理方式及后果如下：

1. 行政处罚措施
   根据《中华人民共和国食品安全法》第三十四条及第一百二十四条，商家销售过期食品可能面临以下处罚：
   

• 没收违法所得：市场监管部门将依法扣押并没收过期商品及销售所得；
  
• 罚款：货值金额不足一万元的，处五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，处货值金额十倍以上二十倍以下罚款；
  
• 情节严重处罚：若商家存在多次违法、拒不整改或造成严重后果（如消费者健康损害），可能被责令停业整顿，甚至吊销许可证。
  

1. 商家应对流程
   

• 配合调查：立即停止销售过期商品，主动提供进货记录、销售台账等证据，配合市场监管部门现场检查；
  
• 陈述申辩：在收到《行政处罚事先告知书》后，可在规定期限内提交书面申辩材料，说明过期商品来源、数量及整改措施（如已下架、销毁）；
  
• 听证权利：若对拟处罚决定有异议，可申请听证，由市场监管部门组织公开质证；
  
• 行政复议或诉讼：若对最终处罚决定不服，可在60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院提起行政诉讼。
  

1. 风险防范建议
   

• 定期自查：建立商品保质期管理制度，设置专人负责检查临期商品，及时下架处理；
  
• 留存证据：保存进货凭证、供应商资质及商品检验报告，证明已履行合理审查义务；
  
• 投保责任险：通过购买食品安全责任保险，转移因商品问题引发的赔偿风险。
  

提示：若市场监管部门已立案调查，建议立即委托律师介入，分析证据链完整性及处罚合法性，制定针对性应对策略。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。