结论：针对您“一个月九千工资，干了几年，按流程辞工还被扣了三千”的情况，这很可能涉及违法扣薪，您有权要求公司返还被扣工资，并可通过协商、投诉或法律途径来维护自己的权益。
分析说明：
违法扣薪的认定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位不得无故克扣劳动者的工资。您已按流程辞工，公司无合法理由扣减您的工资，因此公司的行为很可能构成违法扣薪。
维权途径：
- 协商：首先，您可以尝试与公司进行协商，明确指出公司的扣薪行为违法，并要求公司返还被扣的工资。协商时，建议保留好相关证据，如工资条、辞工通知等。
- 投诉：如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查，并要求公司改正违法行为，返还被扣的工资。
- 法律途径：若投诉仍未解决问题，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明公司的扣薪行为违法，以及您因此遭受的损失。
可能面临的法律后果：
- 如果公司被认定存在违法扣薪行为，除了需要返还被扣的工资外，还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款等。同时，公司的违法行为也可能影响其声誉和信誉，对未来的招聘和业务发展产生不利影响。
行动建议：
- 收集证据：在采取任何行动之前，请确保您已收集好所有相关证据，包括工资条、辞工通知、与公司的沟通记录等。这些证据将有助于您在协商、投诉或法律途径中证明自己的权益。
- 及时行动：不要拖延时间，尽快采取行动来维护自己的权益。因为时间一长，证据可能会丢失或变得难以获取，从而增加维权的难度。
- 寻求帮助：如果您在维权过程中遇到困难或不确定如何操作，可以随时向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供有针对性的法律建议和帮助。
特殊场景提醒：
- 如果您与公司签订的劳动合同中有关于扣薪的特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司的扣薪行为可能在一定程度上具有合法性。但即便如此，公司也不能随意扣减您的工资，必须按照合同约定和法律法规的规定进行。因此，在采取行动之前，请务必仔细阅读劳动合同中的相关条款。