结论前置：职工辞职被扣款一千元，这种做法是否合法需分情况讨论，若用人单位扣款不合法，职工可通过协商、投诉或申请劳动仲裁等方式维权。以下是具体分析：
用人单位扣款合法的情况
- 依据规章制度且合理：如果用人单位的规章制度中明确规定了职工辞职时在特定情形下可以扣款，比如职工未按照规定提前通知用人单位辞职，给用人单位造成了实际经济损失，且该损失经过合理核算为一千元，同时该规章制度是经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过等）、已经向职工公示或者告知的，那么用人单位扣款一千元可能是合法的。例如，职工突然辞职导致用人单位为完成紧急订单额外支付了高额的加班费给其他员工来替代其工作，经核算这部分额外费用为一千元，用人单位依据合法有效的规章制度扣款，职工需要接受。
- 职工存在法定扣款情形：根据相关法律法规，如果职工存在一些法定可以扣款的情形，如职工因故意或重大过失给用人单位造成损失，用人单位可以要求职工赔偿损失，这种情况下扣款一千元如果与实际损失相符且程序合法，也是合理的。比如职工在工作过程中故意损坏单位价值一千元的设备，用人单位在有证据证明的情况下扣款一千元。
用人单位扣款不合法的情况
- 无合法依据扣款：如果用人单位没有合法的规章制度作为支撑，或者规章制度本身违反了法律法规的强制性规定（如规定无论何种情况辞职都扣款一千元），那么用人单位扣款一千元就是不合法的。例如，用人单位仅仅以职工辞职为由，没有任何合理理由就扣款一千元，这显然侵犯了职工的合法权益。
- 扣款超出法定限度：即使职工存在需要扣款的情形，根据法律规定，用人单位扣款的金额也有一定限制。一般来说，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。如果用人单位扣款一千元超出了这个法定限度，也是不合法的。比如职工月工资为三千元，用人单位一次性扣款一千元，超过了当月工资的20%（即六百元），这种扣款就不合法。
职工的维权方式
- 与用人单位协商：职工可以先与用人单位进行友好协商，说明自己认为扣款不合法或不合理的理由，要求用人单位退还扣款。在协商过程中，要注意保留好相关的证据，如工资条、劳动合同、用人单位的扣款通知等。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，职工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，责令用人单位退还违法扣款，并对用人单位进行相应的处罚。投诉时需要提交书面投诉材料，包括个人身份信息、用人单位信息、投诉事项和理由、相关证据等。
- 申请劳动仲裁：职工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是一种准司法程序，仲裁裁决具有法律效力。职工需要在知道或应当知道自己的权益受到侵害之日起一年内提出仲裁申请。在仲裁过程中，需要提供充分的证据来支持自己的主张，如证明用人单位扣款不合法的证据等。如果对仲裁裁决不服，职工还可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。