如果事业单位查出合同制员工的学历不是真实的，单位通常会采取一系列措施，具体后果取决于学历造假对单位的影响程度、单位规章制度以及相关法律法规的规定。以下从不同角度为你详细分析：
一、单位规章制度层面
解除劳动合同：
- 事业单位在招聘合同制员工时，通常会明确要求应聘者提供真实、有效的学历证明。如果员工在入职时提供了虚假的学历信息，这构成了对单位招聘条件的欺骗，违反了诚实信用原则。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果员工以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使单位在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，单位有权解除劳动合同。因此，事业单位在发现员工学历造假后，有权依据单位规章制度和劳动合同法的规定，解除与该员工的劳动合同。
追究违约责任：
- 如果员工在入职时与单位签订了劳动合同，并且合同中明确规定了学历造假的违约责任，那么单位在发现员工学历造假后，有权依据合同约定追究员工的违约责任。
- 违约责任可能包括赔偿单位因招聘、培训等产生的损失，以及支付违约金等。
二、法律法规层面
行政处罚：
- 虽然学历造假主要涉及的是民事法律关系，但如果员工的学历造假行为违反了相关行政法规的规定，如伪造、变造国家机关公文、证件、印章等，那么员工可能面临行政处罚。
- 行政处罚的种类包括警告、罚款、没收违法所得、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照、行政拘留等。不过，这种情况通常适用于较为严重的学历造假行为，且需要相关行政机关进行认定和处理。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果员工的学历造假行为构成了犯罪，如伪造国家机关公文、证件、印章罪等，那么员工可能面临刑事责任的追究。
- 刑事责任包括有期徒刑、拘役、管制、罚金等刑罚。但这种情况非常罕见，通常需要学历造假行为达到一定的严重程度，且被相关司法机关认定为犯罪行为。
三、实际操作建议
对于事业单位：
- 在招聘过程中，应加强对员工学历信息的审核和验证，确保招聘到的员工符合单位的招聘条件。
- 一旦发现员工学历造假，应及时与员工沟通，了解情况，并依据单位规章制度和法律法规的规定采取相应的措施。
- 在处理学历造假事件时，应确保程序合法、公正，避免引发不必要的劳动争议和法律风险。
对于员工：
- 应诚实守信，提供真实、有效的学历信息，避免因为学历造假而面临被解雇、追究违约责任等不利后果。
- 如果已经因为学历造假被单位发现，应积极与单位沟通，寻求解决方案，如承认错误、赔偿损失等，以减轻可能面临的法律责任。
最后需要强调的是，学历造假不仅违反了诚实信用原则，也可能对员工的职业生涯产生严重的负面影响。因此，建议员工在求职过程中保持诚信，提供真实、有效的学历信息。如果事业单位在处理学历造假事件时遇到法律难题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。