针对您提出的“总包举证分包工伤，但分包在工伤认定期注销怎么办”的问题，这是一个涉及工伤保险责任和法律程序复杂性的情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律背景与原则
首先，根据《关于进一步做好建筑业工伤保险工作的意见》等相关法律法规，建筑施工企业（包括总包和分包）应依法参加工伤保险，确保项目使用的职工，特别是农民工，能够按项目参加工伤保险并享受相应保障。这是保障工人权益、分散企业风险的重要制度。
二、分包注销对工伤认定的影响
分包注销的合法性：
- 如果分包单位在工伤发生后合法注销，且注销前已按照法律规定参加了工伤保险，那么其员工的工伤保险权益原则上不应受到影响。但关键在于，注销前是否已妥善处理了员工的工伤保险事宜，包括但不限于人员信息申报、保费缴纳等。
工伤认定的时效性：
- 工伤认定通常有一定的时效限制，从工伤事故发生之日起计算。如果分包单位在工伤认定期内注销，且未留下有效的联系方式或负责人，这可能会给工伤认定工作带来困难。但总包单位作为项目的总负责人，仍应积极配合社保部门进行工伤认定工作，提供必要的证据和材料。
三、总包单位的责任与应对措施
举证责任：
- 总包单位在举证分包工伤时，应提供与分包单位的合同、分包单位员工的花名册、工资发放记录、工伤事故报告等证据材料，以证明工伤事故的发生与分包单位的工作有关。
应对分包注销的措施：
- 及时沟通：总包单位应尽快与分包单位的原负责人或相关联系人取得联系，了解注销原因及后续处理事宜，确保工伤员工的权益不受影响。
- 保留证据：总包单位应妥善保留与分包单位的所有往来文件、合同、支付凭证等证据材料，以备在工伤认定或法律诉讼中使用。
- 协助申报：如果分包单位已注销且无法自行申报工伤，总包单位应协助工伤员工或其家属向当地社保部门申报工伤，并提供必要的支持和证据。
- 法律途径：如果分包单位注销导致工伤认定或赔偿受阻，总包单位可以考虑通过法律途径追究分包单位原负责人的法律责任，或要求其提供必要的协助和赔偿。
四、建议与总结
- 加强合同管理：总包单位在与分包单位签订合同时，应明确约定工伤保险的参保、申报、赔偿等事宜，确保双方权益得到保障。
- 及时申报与沟通：在工伤事故发生后，总包单位应尽快向当地社保部门报告工伤情况，并与分包单位保持密切沟通，确保工伤认定和赔偿工作的顺利进行。
- 寻求专业帮助：由于工伤保险报销问题涉及多个法律点和实际操作细节，建议总包单位在处理此类问题时咨询专业的法律人士或保险机构，以确保得到准确、合法的答案和指导。
综上所述，虽然分包单位在工伤认定期内注销可能会给工伤认定和赔偿工作带来一定困难，但总包单位仍应积极履行举证责任，采取必要的应对措施，确保工伤员工的权益得到保障。