公司有权根据内部规章制度决定是否批准员工事后补办的请假手续，但需结合具体情况判断其合理性。具体分析如下：

1. 公司规章制度的核心作用
   若公司《员工手册》或相关制度明确规定“请假需提前申请，否则视为旷工”，且该制度已通过民主程序制定并公示（如员工签字确认、系统公告等），则公司有权依据制度拒绝补办手续或认定缺勤为旷工。此时，员工事后补假可能因违反程序性要求而被驳回。

2. 例外情形：紧急事由的合理性
   若员工未提前请假系因突发疾病、直系亲属急病等不可抗力或紧急情况，且能提供医院诊断证明、事故报告等证据，公司应基于人性化管理和劳动法精神，允许补办手续并视为正常请假。此时若公司直接驳回，可能涉嫌侵犯员工合法权益。

3. 程序瑕疵与实质正义的平衡
   即使公司制度严格，若员工事后补假时已说明合理理由，且未对公司运营造成实际损失（如未影响项目进度、未导致岗位空缺），公司可酌情批准补假。若公司机械适用制度而忽视员工实际困难，可能引发劳动争议，仲裁机构或法院可能以“制度显失公平”为由调整公司决定。

4. 操作建议

   • 对员工：无论何种原因未提前请假，应第一时间向直属上级口头说明情况，并在返岗后24小时内补交书面申请及证明材料，降低被驳回风险。
     
   • 对公司：在拒绝补假前，应核实员工未提前申请的具体原因，若存在紧急事由，建议允许补假但可要求员工提交书面检讨或扣减部分绩效分（需制度支持），以兼顾管理权威与员工权益。

总结：公司能否驳回补假申请，需结合制度规定、未请假原因及实际影响综合判断。若您遇到具体争议，可提供更多细节（如公司制度条款、未请假原因等），我将进一步分析法律风险及应对策略。