结论前置：法人或者股东在两家公司都任职，两家公司都发工资，在符合相关法律法规和税务规定的前提下，是合法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律层面
公司法角度：
- 公司法并未禁止法人或股东在多家公司任职。法人或股东作为自然人，有权根据自己的能力和意愿选择在多家公司担任职务，只要这些职务不违反公司章程或相关法律法规的禁止性规定。
- 同时，公司法也未对法人或股东在多家公司领取工资进行限制。只要这些工资是合法劳动所得，且符合公司内部的薪酬制度和相关法律法规的规定，就是合法的。
劳动法角度：
- 劳动法保护劳动者的合法权益，包括获得劳动报酬的权利。法人或股东在多家公司任职，如果与这些公司都建立了劳动关系，并提供了相应的劳动服务，那么他们有权从这些公司获得工资。
- 需要注意的是，法人或股东在多家公司任职时，应确保与每家公司都签订了合法的劳动合同，并明确了各自的职责和薪酬待遇，以避免潜在的劳动纠纷。
二、税务层面
个人所得税角度：
- 根据个人所得税法的规定，个人从多处取得工资、薪金所得的，应按规定进行纳税申报。法人或股东在多家公司领取工资时，需要将这些工资合并计算个人所得税，并按照规定的税率和速算扣除数进行缴纳。
- 如果法人或股东未按规定进行纳税申报或缴纳个人所得税，将可能面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金和罚款等。
税务合规性：
- 除了个人所得税外，法人或股东在多家公司任职还可能涉及其他税务问题，如企业所得税、增值税等。这些税务问题的处理需要遵循相关法律法规的规定，确保税务合规性。
- 为了避免税务风险，法人或股东在多家公司任职时，应咨询专业的税务顾问或会计师，了解并遵守相关税务规定。
三、实际操作建议
明确劳动关系：
- 法人或股东在多家公司任职时，应与每家公司都签订明确的劳动合同，明确各自的职责、薪酬待遇和工作时间等，以避免潜在的劳动纠纷。
合规纳税：
- 法人或股东应按照规定进行个人所得税的纳税申报和缴纳，确保税务合规性。如果涉及其他税务问题，也应咨询专业税务顾问或会计师进行处理。
避免利益冲突：
- 法人或股东在多家公司任职时，应注意避免利益冲突的情况发生。例如，不应利用在一家公司的职务便利为另一家公司谋取不正当利益等。
总结与建议：法人或者股东在两家公司都任职，两家公司都发工资，在符合相关法律法规和税务规定的前提下，是合法的。但为了避免潜在的劳动纠纷和税务风险，建议法人或股东在多家公司任职时，明确劳动关系、合规纳税并避免利益冲突。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。