结论：法人（法定代表人）在两个公司都发工资的情况是否合法，主要取决于其是否在两个公司都担任了具体职务并提供了实质性劳动，以及薪酬设定是否合理。

1. 法定代表人担任具体职务并提供实质性劳动的情况

如果法定代表人在两个公司都担任了具体职务，如总经理、部门经理等，并且实际参与了两个公司的经营管理等工作，提供了实质性劳动，那么根据劳动合同约定以及法律规定，他/她有权在两个公司都获得工资。这种情况下，工资的发放应基于其真实劳务投入和合理的薪酬体系，以体现其劳动价值和对公司的贡献。

具体分析：

• 劳动合同：法定代表人与每个公司都应签订劳动合同，明确约定工作内容、工资待遇等条款。
• 实质性劳动：法定代表人需要在两个公司都实际履行职务，提供劳动，这是获得工资的前提。
• 薪酬合理性：两个公司的薪酬设定应合理，不能远高于市场行情、公司实际经营情况或同岗位水平，以避免税务风险和被认定为损害公司和其他股东利益的行为。

2. 法定代表人未提供实质性劳动的情况

如果法定代表人在其中一个或两个公司仅是挂名，并未实际参与公司经营管理等活动，未提供实质性劳动，那么公司一般不应向其支付工资。因为工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，如果没有提供劳动，则无权获得工资。

具体分析：

• 挂名情况：如果法定代表人仅是名义上的，没有实际参与公司事务，那么公司不应支付工资。
• 其他收益：如果法定代表人在公司有投资等权益，他/她可能会从公司获得分红等其他形式的收益，但这与工资是不同的。

3. 税务处理与合规性

无论法定代表人在几个公司获得工资，公司都应依法进行个人所得税的代扣代缴，确保符合税务法规的要求。同时，公司应保留完整的工资发放记录和劳动合同等文件，以备税务部门等相关机构的检查。

法律建议：

• 明确职务与劳动：法定代表人在担任多个公司职务时，应明确每个职务的具体工作内容和劳动投入，以确保工资的合法性和合理性。
• 合理设定薪酬：公司应根据市场行情、公司实际经营情况和同岗位水平等因素，合理设定法定代表人的薪酬，避免过高或过低的薪酬设定带来的风险。
• 遵守税务法规：公司应依法进行个人所得税的代扣代缴，确保税务处理的合规性。

可能法律后果：

• 如果法定代表人在未提供实质性劳动的情况下获得工资，可能被视为损害公司和其他股东利益的行为，引发法律纠纷。
• 如果公司未依法进行个人所得税的代扣代缴，可能面临税务部门的处罚和法律责任。

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