可以申请劳动仲裁，单位在员工住院休假期间必须依法缴纳社保，若未缴纳属于违法行为，员工可通过劳动仲裁维权。具体分析如下：

1. 单位必须缴纳社保的法律依据
   根据《社会保险法》第58条、第60条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记，并按时足额缴纳社保费用（包括养老、医疗、失业、工伤、生育保险）。员工住院休假属于法定医疗期内的病假，劳动关系仍然存续，单位不得以“员工未上班”为由停缴社保。若单位未缴纳，属于违法行为。

2. 劳动仲裁的适用情形
   若单位在员工住院休假期间停缴社保，员工可向劳动仲裁委员会申请仲裁，主张以下权利：

   • 要求单位补缴住院期间的社保（需注意：社保补缴可能受时效限制，建议尽快申请）；
     
   • 若因未缴社保导致员工无法享受医保报销等损失，可要求单位赔偿实际损失（如医疗费自费部分）；
     
   • 若单位以此为由解除劳动合同，员工可主张违法解除赔偿金（2N）。

3. 操作建议

   • 收集证据：保留劳动合同、工资流水、病假证明、社保缴费记录（可通过社保局官网或APP查询）等材料，证明劳动关系存续及单位未缴社保的事实；
     
   • 申请仲裁：向单位所在地劳动仲裁委提交仲裁申请，明确诉求（如补缴社保、赔偿损失等）；
     
   • 同步投诉：若仲裁处理较慢，可向当地社保局劳动监察部门投诉，要求单位补缴社保（行政处理效率通常更高）。

总结：单位在员工住院休假期间停缴社保违法，员工可通过劳动仲裁或行政投诉维权。建议优先收集证据并尽快行动，避免因时效问题影响权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。