结论：在离职协议中写明结清劳动报酬、无争议、放弃索赔、放弃仲裁的情况下，是否可以申请仲裁需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：

一、协议内容合法有效且无欺诈、胁迫等情形

如果离职协议是双方真实意思表示，内容合法有效，且不存在欺诈、胁迫等情形，那么协议中的放弃索赔、放弃仲裁等条款通常会被视为有效。在这种情况下，员工一般不能再就劳动报酬、经济补偿等事项申请仲裁，因为员工已经通过协议明确放弃了这些权利。

二、协议内容存在违法或显失公平情形

1. 违法情形：如果离职协议中的某些条款违反了法律法规的强制性规定，例如协议中约定的劳动报酬低于当地最低工资标准，或者协议排除了员工的法定权利等，那么这些条款是无效的。员工仍然可以就违法部分申请仲裁，要求用人单位支付应得的劳动报酬或承担其他法律责任。

2. 显失公平情形：如果离职协议是在一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形下订立的，且协议内容明显对一方不公平，那么受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。在协议被撤销前，员工一般不能直接申请仲裁，但可以在协议被撤销后，就相关事项申请仲裁。

三、员工对协议内容存在误解或未充分了解

如果员工在签订离职协议时，对协议内容存在误解或未充分了解，例如误以为协议中的“放弃索赔”仅指放弃对某一特定事项的索赔，而实际上协议涵盖了所有可能的索赔事项，那么员工在发现误解后，可以尝试与用人单位协商修改协议或解除协议。如果协商无果，员工也可以考虑通过法律途径解决争议，但具体能否申请仲裁还需根据实际情况和法律规定来判断。

四、特殊情形下的仲裁申请

在某些特殊情形下，即使离职协议中写明了放弃索赔、放弃仲裁等条款，员工仍然可以申请仲裁。例如：

• 用人单位未按照协议约定履行义务：如果用人单位在签订离职协议后，未按照协议约定支付劳动报酬或履行其他义务，员工可以就用人单位的违约行为申请仲裁。
• 协议涉及的事项存在后续变化：如果离职协议签订后，涉及的事项发生了后续变化，例如员工发现用人单位在签订协议前存在未支付的加班费等，员工可以就这些后续变化的事项申请仲裁。

法律建议

1. 在签订离职协议前，务必仔细阅读协议内容，确保自己充分了解协议中的各项条款和权利义务。
2. 如果对协议内容存在疑问或不确定，建议咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
3. 如果已经签订了离职协议，但发现协议内容存在违法或显失公平情形，可以及时与用人单位协商修改或解除协议，或者通过法律途径解决争议。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。