结论：协议离职后，在符合特定条件的情况下，劳动者仍然可以申请劳动仲裁以维护自身权益。
可以申请劳动仲裁的情形
协议存在法定可撤销情形：
- 若签订离职协议时存在重大误解、欺诈、胁迫或乘人之危等情形，导致劳动者在违背真实意思的情况下订立协议，劳动者有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。例如，用人单位隐瞒重要信息，如工伤赔偿，诱使劳动者签订显失公平的离职协议，劳动者知晓后可申请撤销并重新主张权益。
协议内容违反法律法规强制性规定：
- 若离职协议中的条款违反了劳动法律法规的强制性规定，如约定用人单位无需缴纳社会保险，该条款无效。劳动者可通过劳动仲裁要求用人单位履行法定义务，如补缴社保。
协议未涵盖全部权益或赔偿显失公平：
- 离职协议可能未全面处理劳动者的所有权益。若劳动者在离职时不知自己还有未休年休假工资、加班费等未保障权益，即使签订了离职协议，仍可就这些未涉及权益申请劳动仲裁。此外，若协议约定的补偿金额明显低于法定标准，也可能被认定为显失公平，劳动者有权申请仲裁调整。
用人单位违反协议：
- 即使双方签订了离职补偿协议，如果用人单位未按照协议约定支付经济补偿金或其他相关待遇，劳动者也可以在仲裁时效内（通常为一年）申请劳动仲裁。
申请劳动仲裁的注意事项
审查协议条款：
- 在决定申请仲裁前，劳动者应仔细审查协议条款，确认是否存在可撤销或无效的情形。这有助于劳动者明确自己的权益是否受到侵害，以及是否有必要通过仲裁来维护自己的权益。
收集证据：
- 劳动者需要收集并整理相关证据，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录、离职证明以及与离职补偿相关的沟通记录等。这些证据将用于证明劳动者的权益受到侵害，以及离职协议的具体内容和执行情况。
提交仲裁申请：
- 劳动者应在知道或应当知道权益被侵害之日起一年内，向当地的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请，并附上相关证据材料。仲裁申请应明确仲裁请求和事实、理由，以便仲裁机构能够准确理解劳动者的诉求。
仲裁结果及后续处理
仲裁裁决：
- 劳动争议仲裁委员会将综合审查证据及案件事实，判断协议的效力以及劳动者的仲裁请求是否合理合法，进而作出公正裁决。裁决结果可能包括支持劳动者的仲裁请求、驳回劳动者的仲裁请求或部分支持劳动者的仲裁请求。
不服裁决的处理：
- 如果劳动者或用人单位对仲裁裁决不服，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。诉讼过程中，双方将有机会进一步陈述自己的观点和证据，由法院作出最终判决。
总结与建议
协议离职并非绝对不可申请仲裁的屏障。在特定条件下，劳动者仍有权通过劳动仲裁来维护自身的合法权益。因此，在签订离职协议时，双方都应谨慎对待，确保协议内容合法、公平、合理，并严格遵守相关法律法规的规定。如遇劳动纠纷，建议及时向我咨询，以便更好地了解自己的权利和义务，并采取合适的法律措施维护自身权益。