停工留薪期工资只发最低工资，在多数情况下是不合法的。以下是对这一问题的详细分析：
法律依据
根据《工伤保险条例》第三十三条的明确规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”是一个综合性的概念，它不仅包括了职工的基本工资，还涵盖了奖金、津贴、补贴等各项福利，即职工在正常出勤状态下所能获得的全部收入。
具体分析
工资构成：
- 如果员工的工资结构仅仅包含基本工资，那么在停工留薪期间，单位只需支付这部分基本工资即可视为合法。
- 然而，在实际工作中，大多数员工的工资构成往往更加复杂，除了基本工资外，还包括了各种形式的津贴、奖金等额外收入。在这种情况下，单位若仅支付基本工资而忽略了其他部分的收入，则显然违反了《工伤保险条例》的相关规定。
最低工资标准的对比：
- 最低工资标准是政府为保障劳动者基本生活而设定的最低劳动报酬标准，它通常远低于工伤职工在正常工作状态下的工资水平。
- 因此，将停工留薪期工资等同于最低工资标准是不合理且不合法的。工伤职工在停工留薪期间，虽然暂时无法从事原工作，但他们仍然享有与原工作岗位相匹配的工资福利待遇。
权益保障：
- 如果用人单位在停工留薪期间仅按照最低工资标准发放工资，工伤职工有权要求用人单位补足差额部分。这一权利是法律赋予的，旨在确保工伤职工的经济利益不受损害。
- 在协商沟通无果的情况下，工伤职工可以通过多种法律途径来维护自己的合法权益，包括向当地劳动监察部门投诉、提起劳动仲裁以及寻求法律援助等。
特殊情况与注意事项
- 停工留薪期的时长：停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
- 后续待遇：工伤职工评定伤残等级后，将停发原待遇，转而按照有关规定享受伤残待遇。若工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗，其将继续享受工伤医疗待遇，但工资待遇需按新规定执行。
- 证据保留：在处理工伤问题时，建议工伤职工保留好相关证据材料，如工资单、医疗证明、劳动合同等，以便在必要时提供法律支持。
结论与建议
停工留薪期工资只发最低工资在大多数情况下是不合法的。工伤职工应了解自己的权益，并在必要时采取合法措施维护自己的利益。如果用人单位未能按照规定支付全额工资，工伤职工可以首先尝试与单位进行沟通协商；若协商无果，则应及时向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。