公司只付最低工资停工是否合法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合法情形
双方有明确约定且符合法律规定
- 如果劳动者与用人单位在劳动合同中明确约定了停工期间按照最低工资标准支付工资，并且这一约定不低于当地政府规定的最低工资标准，那么该约定是合法的。但这种情况较为特殊，通常需要双方有充分的沟通和协商，并确保劳动者的基本生活不受影响。
劳动者未正常提供劳动
- 在停工期间，如果劳动者确实未提供正常劳动（如因企业原因导致的停工，而非劳动者个人原因），且根据相关规定或双方约定，公司可以支付不低于最低工资标准的生活费或工资，那么这种做法是合法的。但需注意，具体支付标准可能因地区和政策而异，需遵循当地规定。
法定情形下的停工
- 如因不可抗力因素（如自然灾害、社会异常事件等）或政府行政命令导致企业停工，企业可能根据实际情况调整工资支付方式，但需保障劳动者基本生活。在这种情况下，如果公司按照不低于最低工资标准支付生活费，且符合当地政策要求，那么这种做法是合法的。
不合法情形
低于最低工资标准支付
- 如果公司支付的工资低于当地政府规定的最低工资标准，这是明显违法的。根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
劳动者正常提供劳动但工资不合理
- 在停工期间，如果劳动者实际上提供了劳动（如参与企业安排的培训、值班等），且其劳动量和劳动强度达到了相应标准，但公司仅以最低工资标准支付工资，而与劳动者的工作价值和同行业工资水平相差过大，这可能构成不合理的薪酬安排。特别是在劳动者承担重要职责、工作强度大或技术要求高的情况下，如果公司一直按照最低工资标准支付工资，而同行业同等岗位的工资水平远高于此，那么公司的做法很可能不合法。
未经协商单方决定停工停薪
- 如果公司未经与劳动者协商，擅自单方面决定停工停薪，并仅支付最低工资，这侵犯了劳动者的合法权益。根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位变更劳动合同应与劳动者协商一致，并采用书面形式。
劳动者权益保护建议
- 与公司协商：如果劳动者认为公司支付的工资不合理或违法，首先可以尝试与公司进行沟通协商，要求公司按照法律法规和合同约定支付工资。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉，要求劳动监察部门对公司进行调查和处理。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足劳动者的诉求，劳动者还可以通过劳动仲裁或提起诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
总结来说，公司只付最低工资停工是否合法，需根据具体情况、双方约定以及当地政策来判断。如果公司做法违法或不合理，劳动者应积极采取措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。